두부, 콩나물, 된장에서 유전자재조합 대두의 혼입여부를 판별하기 위해 가장 적합한 PCR 프라이머의 선택과 생산 고정에서 물리?화학적인 변성을 재조합 DNA의 손실정도를 공정단계별로 비교 분석하였다. 내재유전자인 β-actin은 600, 495, 250, 160bp을 비교한 결과 160bp에서 가장 광범위하게 검출되었으며, 35S promotor는 130bp, NOS terminator 132bp의 작은 사이즈 프라이머가 유효하였다. 가공공정별로 유전자의 손실정도를 팡가한 결과 두부는 대부분 DNA가 잘 보존되어 가공공정에 따른 DNA의 손실은 거의 관찰되지 않았다. 콩나물은 대부분의 DNA가 발아직후 줄기로 이동하여 적절한 분석부위는 줄기로 판단되었으며, 된장은 효소의 작용에 의하여 유통기간내에 DNA의 검출차이를 보였다. 20일 후 삽입유전자는 소실되었고 특히 50일 이후에는 대부분의 내재유전자 뿐만 아니라 분해되어 검출이 어려운 것으로 판단되어다. 가공처리조건인 열에 의한 DNA의 변성은 100℃에서 40분간 가열하여도 DNA의 손실되지 않고 보존됨을 알 수 있었다.