두부, 콩나물, 된장에서 유전자재조합 대두의 혼입여부를 판별하기 위해 가장 적합한 PCR 프라이머의 선택과 생산 고정에서 물리?화학적인 변성을 재조합 DNA의 손실정도를 공정단계별로 비교 분석하였다. 내재유전자인 β-actin은 600, 495, 250, 160bp을 비교한 결과 160bp에서 가장 광범위하게 검출되었으며, 35S promotor는 130bp, NOS terminator 132bp의 작은 사이즈 프라이머가 유효하였다. 가공공정별로 유전자의 손실정도를 팡가한 결과 두부는 대부분 DNA가 잘 보존되어 가공공정에 따른 DNA의 손실은 거의 관찰되지 않았다. 콩나물은 대부분의 DNA가 발아직후 줄기로 이동하여 적절한 분석부위는 줄기로 판단되었으며, 된장은 효소의 작용에 의하여 유통기간내에 DNA의 검출차이를 보였다. 20일 후 삽입유전자는 소실되었고 특히 50일 이후에는 대부분의 내재유전자 뿐만 아니라 분해되어 검출이 어려운 것으로 판단되어다. 가공처리조건인 열에 의한 DNA의 변성은 100℃에서 40분간 가열하여도 DNA의 손실되지 않고 보존됨을 알 수 있었다.

PCR법은 특정 유전자를 증폭하는 기술로 작물 및 식품에서 유전자 변형체 함유 여부를 가리는 효과적인 방법이다. 그러나 핵산의 추출법에 따라 PCR의 감도가 크게 달라지므로 정확한 추출법의 선정이 매우 중요하다. 본 연구는 현재 컬럼형 상용화 키트와 기존의 용매 추출방법을 이용하여 콩과 옥수수가공식품에 대한 각 유전자 부위의 검출감도를 비교 분석하였다. 핵산의 추출효율과 도입유전자의 증폭효율면 모두 상용화 키트인 Wizard™, DNeasy™ 추출법이 우수하였다. DNeasy법은 대부분의 식품에서 우수한 추출효율을 보였으나, 옥수수가공식품에서 수율이 감소하는 단점을 나타내었다. Wizard법은 모든 가공식품에서 고른 추출효율을 보였으며, PCR반응에 의한 증폭산물도 잘 보존되어 가공식품의 GMO검출에 적합한 것으로 나타났다. 한편 CTAB법은 콩가공식품에서 약간 효율이 좋은 것으로 나타났으나 대부분의 경우 효율이 낮았으며, 식품의 종류에 따라 편차가 심하게 나타났다. pheno/chloroform법은 대부분의 식품에서 핵산의 분리가 어려운 방법으로 나타나 GMO분석에는 적합하지 않은 방법으로 확인되었다.