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양배추 엽색을 결정하는 주요한 요인은 안토시아닌의 합성 유무 또는 축적된 양의 차이에 기인한다. 양배추의 엽 색 관련 분자마커 개발을 위하여 안토시아닌 색소의 축적이 다른 양배추 계통을 이용하여 RNA Seq을 수행하고 분 석하였다. 양배추 시료는 자색양배추, 녹색양배추, 저온에서 안토시아닌 발현되는 양배추, 저온에서 안토시아닌 발현이 없는 양배추를 각 2종씩 사용하여 색 관련 유전자 마커의 선발과 분류를 용이하게 하였다. RNA Seq 데이터 분석을 통해 안토시아닌 합성관련 유전자의 발현 양상을 확인한 결과 자색양배추에서 MYB2, TT8, F3’H, DFR, ANS 유전자의 발현이 많았다. 또한 RNA Seq 데이터를 기반으로 SSR 마커로 활용가능한 프라이머 45개 세트를 선별, 작성하고 PCR방법으로 검정한 결과 9개의 프라이머 세트를 선발하였다. 그 중 1개를 양배추 F1 품종을 대상으로 검정하여 자색양배추 또는 저온에서 자색을 나타내는 양배추를 구분할 수 있었다. 안토시아닌 합성과 관련된 상 류유전자와 구조유전자들의 게놈 구조를 분석하고 상류유전자 18개, 구조유전자 15개의 염기서열을 분석하기위 해 각각 33개, 21개 프라이머 세트를 작성하였다. 염기서열 분석한 결과, F3’H, DFR, MYB2, 유전자에서 총 10개의 SNP(Exon 4개, Intron 6개)와 1개의 SSR(Intron)을 발굴하였다. [본 연구는 농림축산식품부․해양수산부․농촌진흥청․ 산림청 Golden Seed 프로젝트 사업(원예종자사업단, 과제번호 : 213003-04-2-SB230에 의해 이루어진 것임]
