자운영의 개화 후 일수, 협(꼬투리)의 탈협 유무, 파종 깊이 및 담수기간 차이에 따른 포장발아율을 조사하여 재입모율 향상을 위한 방안을 모색하고, 매년 농약 소독된 종자 수입억제와 파종 노력 경감 등 실용화 자료로 활용코자 본 연구를 수행하였다. 연구결과를 요약하면 논에서 자운영을 재배하여 개화 후 일수별로 매몰한 다음 적습상태를 유지하고 100일 후 누적 발아율을 조사한 결과, 개화 후 20일 종자는 총 9.6%, 30일 종자는 26.7%, 40일 종자는 37.3% 발아되었다. 또한 같은 종자를 90일간 담수하였다가 낙수를 하여 15일간 발아기간 을 경과 한 발아율은 개화 후 20일 종자는 발아되지 않았고, 30일 종자는 2.0%, 40일 종자는 11.2%이었다. 자운영 개화 후 40일 종자의 협(꼬투리)의 탈협 유무에 따른 발아율은 탈협 종자가 11.9%인데 비하여 비탈협 종자는 15.5%로 다소 높았다. 종자 매몰깊이에 따른 발아율은 1㎝미만 5.87%, 1~3㎝는 3.37%, 3∼5㎝는 1.66%, 5∼7㎝는 0.23%로 얕게 파종할수록 발아율이 높았다.. 담수기간에 따른 발아율은 무 담수는 30.8%, 30일 담수는 21.0%, 60일 담수는 17.6%, 90일 담수는 14.7%이었다. 따라서 자운영 지속재배를 위한 자연발아 율을 높이기 위해서는 종자가 충분히 익었을 때 물을 댄 다음 얕게 로터리를 하고 벼 생육기간 중 연속 4일 이상 논바닥을 말리지 않아야 자연발아율을 높일 수 있다