작은뿌리파리(Bradysia agrestis)는 많은 어린 작물의 뿌리를 직접 가해하여 생육을 억제하거나 고사시키는 심각한 피해를 일으키고 있는 해충이다. 대부분 이러한 피해를 막기 위하여 살충제에 의존하고 있지만 살충제는 저항성 개체의 출현, 인축에 대한 독성, 환경오염 등의 문제점이 있다. 반면 대표적인 곤충병원성 세균인 Bacillus thuringiensis는 인축 및 식물에 무해하며 내독소단백질을 형성하여 곤충에 대해 강력한 독성을 가진 것으로 알려져 있다. 따라서 본 연구는 곤충병원성 미생물을 이용한 친환경적 방제 방법을 탐색하고자 B. thuringiensis 균주를 대상으로 생물검정을 실시하였다. 파리목 유충에 대해 살충활성을 보이는 것으로 알려진 spherical type의 내독소단백질을 가진 16균주를 선발하여 생물검정을 실시한 결과, 높은 방제효과를 나타내며 속효성을 지닌 균주가 확인되었다. 방제효과를 나타낸 균주는 농도별 살충활성을 확인하였으며 SDS-PAGE를 통하여 단백질패턴을 분석하였다.