전통육종과 marker assisted selection(MAS)를 함께 활용하는 방법이 최근 국내 상업육종에서 활발히 사용되고 있다. 식물 유전학의 빠른 발달과 차세대 유전체 염기서열 분석(NGS) 기술이 발전함에 따라, 대량 분자표지를 저렴한 가격에 확보할 수 있는 시대가 되었기 때문이다. 본 연구에서는 고추의 전사체 정보를 이용하여 SNP를 분석하고 Fluidign probe를 자동으로 디자인할 수 있는 파이프라인을 작성하였다. 또한 SNP를 calling하기 위해 총 6개의 accession(5개의 C. annuum과 1개의 C. chinense)의 전사체 염기서열을 Illumina 플랫폼으로 분석하였고, reference 염기서열은 고추 EST DB를 사용하였다. 분석한 SNP의 유전적 위치를 알기 위하여, UC-DAVIS의 고밀도 고추 유전자 지도와 연계하였다. Fluidigm probe를 design할 수 있는 조건으로 SNP를 filtering한 결과, short read의 depth가 10 이상을 기준으로 총 567개의 SNP를 분석하였고, 총 412개의 probe를 디자인하였다. 제작한 412개의 porbe와 논문에 공개된 SSRs, COSII 분자표지들, 2개의 고추 내병성 형질을 이용하여, 현재 내병성 고추 품종을 육성하기 위한 marker assistant breeding(MAB)을 진행 중에 있다.