60년대와 70년대의 녹색혁명은 전통적인 육종의 성과이지만, 최근의 육종기술은 유용유전자의 유전자형을 활용한 분자표지 마커를 활용하고 있다. 목적 형질을 갖고 있는 계통을 선발하는 MAS(Marker assisted selection) 마커는 많은 육종가들에 의해 활용되고 있지만, 유전자의 SNP(Single nucleotide polymorphism)을 활용한 MAB(Marker assisted backcross) 마커는 거의 활용되고 있지 않다. SNP 마커는 단 하나의 염기서열의 차이를 구별할 수 있어, 유전적으로 매우 가까운 계통들도 구분할 수 있으며, 자동화 분석이 가능하다는 점에서 활용도가 높다. 솔젠트(주)에서는 내수 및 종자수출에서 차지하는 산업적 비중이 가장 큰 채소작물 중 고추 병저항성 관련 유전자를 활용한 multiplex 고추병 진단 제품을 개발했다. 이 제품에는 오이모자이크바이러스(CMV), 담배 etch 바이러스(TEV), 토마토반점위조바이러스(TSWV), 토바모바이러스(TMV), 세균성점무늬병(BS), Chilli venial mottle virus(ChiVMV), 고추역병에 관련된 저항성 유전자의 SNP을 활용해 개발했으며, 본 제품을 활용해 고추 육종가들이 쉽고 간편하게 육종 소재에 적용해 신품종 육종에 도움을 줄 것으로 기대한다.

전통육종과 marker assisted selection(MAS)를 함께 활용하는 방법이 최근 국내 상업육종에서 활발히 사용되고 있다. 식물 유전학의 빠른 발달과 차세대 유전체 염기서열 분석(NGS) 기술이 발전함에 따라, 대량 분자표지를 저렴한 가격에 확보할 수 있는 시대가 되었기 때문이다. 본 연구에서는 고추의 전사체 정보를 이용하여 SNP를 분석하고 Fluidign probe를 자동으로 디자인할 수 있는 파이프라인을 작성하였다. 또한 SNP를 calling하기 위해 총 6개의 accession(5개의 C. annuum과 1개의 C. chinense)의 전사체 염기서열을 Illumina 플랫폼으로 분석하였고, reference 염기서열은 고추 EST DB를 사용하였다. 분석한 SNP의 유전적 위치를 알기 위하여, UC-DAVIS의 고밀도 고추 유전자 지도와 연계하였다. Fluidigm probe를 design할 수 있는 조건으로 SNP를 filtering한 결과, short read의 depth가 10 이상을 기준으로 총 567개의 SNP를 분석하였고, 총 412개의 probe를 디자인하였다. 제작한 412개의 porbe와 논문에 공개된 SSRs, COSII 분자표지들, 2개의 고추 내병성 형질을 이용하여, 현재 내병성 고추 품종을 육성하기 위한 marker assistant breeding(MAB)을 진행 중에 있다.

멜론과 참외의 국내 소비 시장이 확대됨에 따라 다양한 F1 품종이 개발되고 있다. 멜론과 참외의 F1 품종의 순도를 검정하기 위해 포장재배 등의 순도검정법이 이용되고 있으나 시간과 노력이 매우 많이 소요되기 때문에 분자마커를 이용한 순도검정법의 개발이 필요하다. 본 연구에서는 멜론의 EST 염기정보로부터 30개의 SNP 프라이머 조합을 고안하여 멜론과 참외의 순도 검정을 위한 HRM분석방법을 개발하였다. 멜론 두 품종과 참외 한 품종의 양친 사이에 HR