식물검역에서 규제는 종(species)을 기준으로 이루어진다. 종을 알아야 규제를 할 수 있기 때문에 정확한 분류동정은 검역에서 가장 중요한 문제이다. 이를 위하여 검출되는 해충 종 동정을 위하여 다양한 방법을 활용하고 있다. 가장 많이 활용하는 방법은 형태적인 분류동정방법이다. 그리고, 현재 보조적으로 분자생물학적인 진단방법을 활용하고 있다. 1차 식물검역기술개발종합계획 수행과정에서 농림축산검역검사기술개발사업과 식물검역기술개발사업을 통하 여 고해상도의 영상자료를 곤충 딱정벌레 446종, 애완용곤충 309종, 노린재목 377종 등 PIS(Pest Information System) 영상자료 구축을 통한 형태분류동정 자료를 확보하였다. 곤충의 분자생물학적인 연구는 870종의 나비목과 과실파리과 등의 DNA 바코드를 확보하고 53종의 진단키트를 개발하였다. 이중에서 바코드를 통한 진단법이 확립된 것은 금지급 26종, 관리급 190종, 기타 379종이 확립되었다. 선충은 뿌리썩이선충과 9종의 염기서열과 5종의 종특이프라이 머, 뿌리혹선충 10종의 염기서열을 생산하였다. 애완용곤충은 외국산 사슴벌레과 63종, 한국산 사슴벌레과 7종, 외국산 장수풍뎅이과 24종, 한국산 장수풍뎅이과 1종의 DNA 바코드 염기서열 확보하였다. 2015년에 제2차 식물검역기술개발종합계획에 해충 분류동정 연구는 추진계획을 수립하였으며, 세부추진계획 로드맵로 구체화하여 외부 검토의견 수렴중에 있다. 계획에 금지급 60종, 관리급 1,480종과 규제비검역 2종의 검역해충 대부분 종들의 형태동정과 바코드 매뉴얼 보완 및 표준 표본 확보를 추진할 계획이다.