이 연구는 패류가 다량으로 양식되고 있는 남해안 일부해역 해수의 세균학적 위생안전성을 평가하기 위하여 조사해역 내에 영향을 줄 수 있다고 판단되는 해수 14곳을 선정하여 2014년 3월부터 10월까지 총 6차례 조사를 실시하였으며 그 결과는 다음과 같다. 해수는 수온이 평균 21.2℃, 염분농도는 32.43‰, pH는 7.92, 용존산소는 7.83 mg/L으로 조사되어 우리나라 수질환경기준으로 볼 때 1등급으로 조사되었다. 전도도는 44,600 us/cm, 탁도는 1.93 NTU로 조사되었다. 남해안 일부 조사해역 해수의 위생학적 안전성을 조사한 결과 대장균군은 평균 < 1.8~790 MPN/100 mL, 90번째값이 168.1 MPN/100 mL, 기하학적 평균이 12.8 MPN/100 mL으로 나타났고, 분변계대장균은 < 1.8~790 MPN/100 mL,90번째 값이 50.5 MPN/100 mL, 기하학적 평균값이 6.5 MPN/100 mL로 조사되어 정착성 수산물 생산해역 위생관리기준 중 청정해역의 기하학적 평균 기준치인 14 MPN/100 mL를 넘지 않아 청정해역으로 나타났다. 그러나 5월과 7월에 43 MPN/100 mL를 초과하는 시료가 35.7%와 28.6%로 KSSP 기준치인 10%를 초과하여 계절에 따라서 다소 차이가 있는 것으로 나타났다. 조사해역은 폐쇄성 내만으로 적은 오염원에도 크게 영향을 받을 수 있으므로계절에 따라서 철저한 해역의 관리가 요구되었다.