1994년 무역관련 지적재산권에 관한 협정 [Agreement on Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights (이하‘TRIPs협정’)] 하에서의 강화된 특허보호가 세계무역기구[World Trade Organization (이하‘WTO’)] 회원국의 공중보건보호를 취하는 것을 방해하지 않는 것으로 TRIPs협정에서는 세가지 유형의 특허규정1)을 두고 있다. 그런데 문제는 이 조항들이 상당히 간략하고 애매모호하게 규정되었다는 점이다. 조약법에 관한 비엔나협약 [Vienna Convention on the Law of Treaties(이하‘VCLT’)] 제31조와 제32조에 비추어 그 의미를 해석하면 다음과 같다. TRIPs협정 제27.2조 하에서 WTO 회원국은 ‘공공질서’또는‘공서양속’에 관한 자국의 정의에 따라 특정종류의 의약품을 특허대상으로부터 일괄적으로 제외할 수 있으나, 의약품의 가격이 높다는 이유는 특허대상 제외의 정당한 사유가 되지 못한다. 또한 개인적, 학술적 그리고 실험적 용도로 이용하는 경우‘공공질서 또는 공서양속의 보호’에 위배되지 않는 발명에 대해서는 WTO 회원국은 특허대상에서 제외할 수 없다. TRIPs협정 제27.3조 (a)호 하에서 기존의 물질에 대한 새로운 치료방법, 유전자 치료방법의 특허 대상으로부터 제외여부는 WTO 회원국의 재량권에 속하는 사항이다. TRIPs협정 제27.3조 (b)호 하에서 특허신청 시 유전자원의 출처공개 조치는 특허신청 허여에 있어서 필수요건으로 요구되어서는 아니 된다. TRIPs협정 제30조에서는 허여된 권리에 대한 예외를 규정하고 있다. 특허권자의 배타적인 권리에 대한 예외조치는 TRIPs협정 제30조의 3단계 요건을 만족하여야 한다. 첫 요건인‘제한된’은“ 범위가 한정된”의 의미이다. 두 번째 요건은‘통상적인 이용에 불합리하게 저촉되지 아니’하여야 한다. ‘불합리한 저촉’에 대한 해석에 있어서 각 국가는 특허권자의 배타적인 권리보호에 대한 서로 다른 철학을 가지고 있다는 점을 염두에 두어야 한다. TRIPs협정 제30조에서의 세 번째 요건은‘제3자의 정당한 이익을 고려’한 특허권자의‘정당한 이익을 불합리하게 저해해서는 아니 된다.’는 것이다. 동 조항에서의‘특허권자의 정당한 이익’은 특허권자의‘법적인 이익’보다는 더 넓은 의미이며, ‘제3자의 정당한 이익’은 공중의 의약품에 대한 접근의 권리를 포함하는 이익이다. 강제실시에 대하여 규정한 TRIPs협정 제31조를 살펴보면 강제실시 조치를 취함에 있어서 공중보건위기와 관련되는 질병은 만성병일 수 있다. TRIPs협정 제31조는 강제실시 허여 이유에 대하여 제한하지 않는다. 강제실시 협상에 실패한 동일한 특허대상에 대하여 강제실시를 허여한다면 사용자와 특허권자사이의 서한이나 연락 등을 참조하여 사안에 따라서는 강제실시 사용예정자의 사전협상 의무는 면제될 수 있다고 본다. TRIPs협정 제31조 (h)항에서의‘승인의 경제적 가치를 고려한 적절한 보상’에 있어서 WTO 회원국의 동 조항에 대한 신축적인 이행이 가능하다. 공중의 의약품에 대한 접근을 보장하는데 있어서 상당히 중요한 조치임에도 불구하고 기존의 TRIPs협정 특허제도에서 허용되지 않는 공중보건보호 조치는 TRIPs협정 특허규정에 대한 해석이 아니라 개정작업을 통하여서만 그 정당성이 보장된다.