본 연구는 생산단계 토마토를 국내 5개 지역 소재의 18개 농가에서 총 90점의 시료를 수집하여 위생지표세균 및 유해미생물의 오염도를 분석하였다. 또한 주산지 1개 지역의 4개 농가를 대상으로 시기별(3, 4, 5, 6월) 위생지표 세균 및 유해미생물의 오염도 변화를 조사하였다. 생산단계 토마토의 위생지표세균 중 일반호기성세균은 최소 0.48 - 최대 6.15 Log CFU/g 범위로 나타났고, Coliforms는 최소 ND - 최대 3.37 Log CFU/g 범위로 나타났다. B. cereus의 경우에는 90개 시료 중 6개의 시료에서 검출되었고 모두 1 LogCFU/g 이하인 것으로 나타났다. 시기별로는 3월에 일반호기성세균, Coliforms, B. cereus가 평균적으로 각각 2.70, 0.56, 1.58 Log CFU/g으로 나타났고, 이들 모두 4, 5, 6월로 시기가 지남에 따라 오염도가 통계적으로 유의하게 낮아지는 것으로 나타났다. 본 연구에서 수행한 S. aureus, E. coli, E. coli O157:H7, Salmonella spp., L. monocytogenes 오염도 조사에서는 이들 모두 불검출로 나타났다. 본 연구는 국내 생산단계 토마토의 위생지표세균 및 유해미생물 오염도를 조사하고 시기별 오염도 변화 양상을 관찰하여, 농식품 안전성 확보 및 국내 토마토의 미생물위해성 평가(Microbiological Risk Assessment)의 기초자료로 활용 될 수 있을 것이다.