‘南冥學’의 精髓는 󰡔學紀類編󰡕 가운데 그려놓은 24圖에 있다. 그는 산림에 은 거하여 다른데 마음을 쓰지 않고 정력을 다해 심오하고 정미한 것을 연구하여 形而上의 道體로부터 形而下의 日用에 이르는 理論의 思維 논리구조를 만들어 내었다. ｢三才一太極｣ㆍ｢理氣｣ㆍ｢天理氣｣ㆍ｢人理氣｣ㆍ｢心統性情｣ㆍ｢天道｣ㆍ｢天命｣ 등 9개의 그림은 선생이 손수 그려서 단서를 구한 것이다. ｢三才一太極圖｣는 形 而上인 太極의 本體問題를 찾은 것으로, 形而上學인 理의 體와 形而下學인 氣 의 用이 體로부터 用에 이르고 用으로 體를 관통하는 體用一淵의 原理를 구현 하고, 宇宙 自然 生命과 사람의 本質ㆍ人性ㆍ道德ㆍ價值에 대한 관심을 두드러 지게 드러내었다. 南冥은 窮理明善으로부터 出發하여, 張載ㆍ二程ㆍ朱熹ㆍ黃榦ㆍ陳淳의 思想 을 이해하고서 ｢理氣圖｣ㆍ｢天理氣圖｣ㆍ｢人理氣圖｣를 만들었다. ｢理氣圖｣의 상 단 중앙에 黑白으로 陰陽이 서로 나누어진 원이 있는데, 이 원은 비록 理氣로 나누었으나 體와 用은 근원이 같은 和合體인 太極이라는 의미를 내포하고 있 다. 理氣 先後의 변론ㆍ理氣, 形而上下, 道器의 변론ㆍ極限 有無의 분변, 이 세 가지 변론을 통하여 理氣 關系의 性質ㆍ地位ㆍ作用ㆍ기능이 이미 밝혀졌다. 이 에 南冥은 ｢天理氣｣와 ｢人理氣｣의 두 圖를 만들어, 더 나아가 理氣가 天人 관계 가운데에 있어서의 體現과 運用을 밝혔다. 天의 理氣와 人의 理氣가 心에 이르 면 곧 性과 情이 되며 性情은 각각 理氣를 갖추고 있는데, ｢心統性情圖｣가 있다. 南冥의 ｢心統性情圖｣는 李退溪 ｢聖學十圖｣ 중의 ｢心統性情圖｣와 다르다. 다만 退溪는 스스로 ｢心統性情圖｣ 중의 中圖와 下圖를 만들었는데, 이 두 圖의 思想 으로 보면 南冥과 서로 통한다. 남명은 󰡔학기류편󰡕에서 ｢理氣｣ㆍ｢天理氣｣ㆍ｢人理氣｣로부터 ｢心統性情｣圖에 이르기까지 理氣ㆍ天人ㆍ性情의 體用 一源ㆍ理一分殊의 논리 구조를 구성하 고, 아울러 理氣의 核心 話題로 宇宙自然, 現實社會ㆍ形而上下ㆍ倫理道德ㆍ魂 氣體魄ㆍ性情中節 등을 통활하여, 상하 좌우로 하여금 전체적으로 貫通하고 원 만하여 막힘이 없게 하여 하나의 虛靈不昧하고 生生不息하는 세계를 이루었다.