특허권자는 직무발명과 관련하여 특허출원서에 기재된 발명자에게 정당한 보상금을 지급하여야 할 의무를 가지게 된다. 특히 공동연구개발의 주체가 되는 교수와 함께 연구를 수행한 대학원생은 어떠한 방법으로 어느 범위까지 발명자의 대상과 범위에 포함되어서 정당한 보상금을 받을 수 있는가 하는 점이 중요하다. 공동연구의 상당부분은 산학협력단이 수주자(계약 당사자)가 되고, 실제 연구개발을 수행하는 주체는 수주자의 소속으로 교수와 대학원생이 된다. 대학원생은 연구원 또는 연구보조원 등의 형태의 피용자로서의 지위가 명시되어 있다. 따라서 대학원생이 실제 연구에 참여하여 특허법상의 발명자에 해당하는 경우에는 반드시 특허출원서의 발명자란에 대학원생이 발명자로 기재하여야 한다. 그러나 현실은 교수만을 발명자로 기재하고 있으므로, 대학원생이 공동 발명자로써 적절한 법적보호를 받고 있지 못하고 있다. 따라서 대학원생이 대학교와 고용관계에 있지 않다고 하더라도 공동연구계약에 의하여 발명진흥법의 직무발명자에 해당할 수 있다는 내용을 대학직무발명규정에 반영해야 한다. 또한 대학원생이 공동연구 수행자로 실제 공동 발명자에 해당하는 경우, 그 발명은 직무발명에 해당하여 특허출원할 수 있는 권리를 산학협력단이 가진다는 규정도 필요하다. 즉, 대학원생은 특허출원서의 발명자란에는 대학원생의 설명을 반드시 기재하여야 하고, 특허를 받은 경우에는 대학원생에게 정당한 보상금을 지급한다는 규정이 마련되어야 할 것이다.