1989년 11월 28일에 서명되고 1999년 1월 22일에 발효된 ｢한일어업협정｣은 한국의 독도에 대한 영토주권, 영해 주권 그리고 배타적 경제수역주권을 훼손하는 많은 규정을 포함하고 있다. (1) 독도의 영토주권의 훼손 동 협정이 독도를 동해 중간 수역 내에 위치하고 있는 것(제9조)은 한일간에 독도의 영유권에 관해 분쟁이 존재함을 묵시적으로 승인한 것이다. 왜냐하면 한일간에 독도영유권분쟁이 존재하지 아니하면 독도 주위의 수역에 중간수역을 설정할 필요가 없기 때문이다. 그리고 분쟁의 존재승인을 설정한 것은 독도의 영유권에 관해 한국과 일본의 법적 입장을 1:1의 대등관계를 승인하여, 결국 한국의 독도 영토주권을 훼손한 것이 된다. 동 협정은 “이 협정의 어떠한 규정도 어업에 관한 사항 이외에 국제법상 문제에 관한 각 체약국의 입장을 해하는 것으로 간주되어서는 아니된다”라고 규정하고 있다(제15조). 이 배제 조항에 대해 독도를 실효적으로 지배하고 있는 한국측에서 보면 현상유지의 이익 밖에 없으나, 일본 측에 보면 독도를 실효적으로 지배하고 있는 한국과 1:1의 대등 관계를 갖는 것으로 되어 이는 일본에 대해 현상유지 이상의 이익이 부여 되는 것이다. 따라서 이는 결과적으로 한국의 독도 영토주권을 훼손하는 것이 된다. (2) 독도의 영해 주권의 훼손 동 협정은 동해 중간 수역을 설정하고 동 수역에서 기국주의를 채택하여(제9조, 부속서 Ⅰ제2항) 한국의 영해를 침범한 일본 어선에 대해 중간 수역에서 추적권의 행사를 부정하여 한국의 영해주권을 훼손한 것이다. (3) 독도의 배타적 경제수역주권의 훼손 동 협정에 의해 독도의 배타적 경제수역이 동해 중간수역 내에 위치하게 되어(제9조) 독도의 배타적 경제수역주권이 훼손된 것이다. 이상과 같이 한국의 독도영토주권, 독도영해주권 그리고 독도배타적 경제수역주권은 ｢한일어업협정｣에 의해 훼손되었다. 오늘의 국제사회에서 영토취득의 중요 원인은 묵인, 승인, 그리고 금반언으로, 이들의 반복으로 영토취득이 응고되어 지는 것이다. 그러므로 한국의 독토영토주권을 훼손한 ｢한일어업협정｣을 방치하면 장차 독도의 영토주권을 응고 취득할 수 없게 될 수도 있다. 그러므로 일본의 비교우위의 상대적 권원을 취득할 수 없도록 조속히 두 협정을 폐기하여야 한다.