보호감호제도는 1980년 제5공화국 출범과정에서 도입되어 2005년 사회보호법의 폐지로 제도의 종결을 보는 듯 했으나 흉악범죄의 상습화 ․ 누범화는 범죄에 대한 사회적 경각심을 불러 일으켰고, 형 집행 기간의 연장, 전자발찌 착용, 화학적 거세 등 형사정책의 강경화를 가져왔다. 더불어 보호감호제도는 형법개정안을 통해 형법에 누범과 상습범에 대한 가중처벌규정을 없애는 대신 보호수용의 이름으로 되살아나는 단계에 이르렀다. 그동안 보호감호제에 대한 이론적 배경과 재도입에 따른 비판적 고찰 등에 관한 논의는 활발히 이루어졌으나 실제 그들의 처우를 어떻게 할 것인가에 대한 논의는 크게 다뤄지지 않았다. 보호감호자 처우를 담당하고 있는 구 청송제3교도소(현재 경북북부제3교도소)의 「한국형 피보호 감호자 처우모델(안)」을 중심으로 합리적 감호자 처우방향을 정리하였다. 연구결과 첫째, 보호감호자의 처우는 과학적 분류를 전제로 사회적 위험성과 사회복귀 목적의 조화를 위해 단계별로 이루어져야 한다. 둘째, 보호감호자에게 주어지는 작업장려금(근로보상금)은 범죄로 인한 사회적 비용개념으로 받아들여 그들의 구금에 따른 보상적 성격을 인정하는 것이 필요하다. 셋째, 현재 범죄예방정책국의 정책과 교정본부의 관리 체제로 나누어진 처우시스템은 이중처벌의 비난을 불식하고 징역형과 차별화된 처우를 위해 범죄예방정책국으로 일원화하여야 한다. 넷째, 시설 내 처우환경을 획기적으로 개선하고, 외부교통권은 최대한 보장되어야 한다. 다섯째, 사회적응력 배양을 위해 사회에서 이루어지고 있는 다양한 직업훈련 교육기회를 광범위하게 보장하여야 한다. 여섯째, 감호의 종료를 위한 심사는 보다 유연성 있는 시스템 구축을 통해 심사의 경직성과 형식성을 개선하여야 한다. 아울러 보호감호자의 징역형 집행시 보다 전문화된 교정프로그램을 적용하여 실제 보호감호기간을 최소화하여야 한다.

상습누범에 대한 형사법적 대처방식의 타당성을 검토하기에 앞서 우선 형벌 과 행형의 목적 및 보안처분과의 관계를 살펴 보고, 이들을 토대로 보호감호제도의 재도입 필요성 등에 대한 검토를 하였다. 형벌과 행형 및 보안처분의 목적에 있어서 공통점은 범죄인의 재사회화에 있고 보안처분제도는 형벌과 행형의 목적의 보완제도로써 역할을 수행한다고 하겠다. 문제점은 있으나 우리 형법상 이미 보안형벌로서 상습누범에 대한 가중처벌규정이 있음에도 불구하고 보호감호제도를 도입하는 것은 범죄인의 재사회화보다는 이중처벌이라는 점에서 문제가 제기될 수 있겠다. 상습누범에 대처하고자 하는 입법례를 보면 일반적으로는 상습누범에 대한 형의 가중이나 보호감호 중에 어느 하나를 택일하는 경향을 보이고 있다. 우리나라는 이미 보호감호제도를 폐지하는 대신에 그 보완책으로서 형법개정을 통해 상습범의 가중 형량을 크게 강화하고 있다. 보호감호처분제도가 폐지된 된 이유로, 이중처벌금지의 원칙 위반, 과잉처벌금지의 원칙 위반, 재범의 위험성 판단의 곤란성, 보호감호제도의 운영상의 문제점 등을 거론할 수 있다. 그럼에도 불구하고 최근에 보호감호제도의 부활을 통해 위험성이 큰 범죄자들의 재사회화와 사회보호를 이루고자 하고 있다. 보안처분은 형벌이 갖는 한계를 보충하기 위한 제도이다. 또한 보호감호제도는 형사정책의 최후의 긴급조치의 성격을 갖고 있으므로 형벌 및 다른 보안처분제도로는 그 목적을 달성할 수 없을 때 그 제도적 가치가 발휘된다고 하겠다. 우리나라는 이미 성폭력범죄자를 비롯한 강력범죄자에 대해 형량의 대폭적 강화, 화학적 거세, 성범죄자의 신상공개, 전자발찌 부착 등 위험한 범죄자들에 대한 사회보호를 위해 다양한 제도를 마련하고 있다. 또한 현재 교정처우면에서 매우 열악한 사정아래 운영되고 있는 보호감호제도를 다시 도입하는 데에는 무리가 있다고 하겠다.