본 연구는 모기 매개체 감염병 예방을 위한 방역사업의 계획수립을 위하여 세종시의 모기 밀도 및 서식환경을 분석하여 방역 가이드라인 기초자료를 확립하는 것을 목적으로 수행되었다. 세종시 전반적인 모기분포 현황 조사를 위해 2019년 8월~10월까지 MOSHOLE과 유문등을 사용하여 일주일에 1회 1박2일 간의 모기 개체수를 조사하였으며, 구도심 (조치원읍)과 신도심 (보람동)의 밀도차 분석을 위해 2020년 4월~10월까지 DMS를 활용하여 매일의 모기 개체수를 조사하였다. 연구 결과 금남면에서 가장 많은 모 기가 포집되었으며 서식하는 우점 모기 종은 큰검정들모기, 빨간집모기인 것으로 나타났다. 모기 개체수에 영향을 미치는 토지피복 유형은 산림지역과 초지지역으로 나타났다. 질병 매개 가능성이 있는 모기 종 분석 결과 연서면과 금남면에서 다수 발견되었으며, 흰줄숲모기, 얼룩날개모기류, 작은빨간집모기 순서로 확인되었다. 각각 CO2와 빛을 유인제로 사용하는 MOSHOLE과 유문등의 채집효율을 비교 분석한 결과, CO2의 유인률이 높아 모기 포집 효율성과 생태계 안정성 보존을 위해 CO2를 유인제로 사용하는 것이 적합한 것으로 나타났다. 세종시의 모기 개체수는 구도심이 신도심보다 약 2배 정도 개체수가 많은 것으로 나타났다. 세종시는 구도심과 신도심으로 나누어져 있기 때문에 획일적인 방식으로는 눈에 띄는 방역 효과를 보기가 어려우며 효과적인 방역을 위해서는 방역의 차별성을 두어야 할 것으로 사료된다. 본 연구는 세종시의 통합적인 모기 방제 가이드라인의 기초작업으로 이루어졌으며, 본 연구의 결과로 모기를 매개로 하는 질병 확산을 제어하고, 모기로 부터의 피해를 줄이는 데 일조하기를 바란다.