헌법불합치결정이라 함은 법률이 실질적으로 위헌성을 내포하고 있어서 위헌결정을 해야 하지만 국회의 입법권을 존중하고 단순위헌결정으로 인하여 초래되는 법의 공백상태를 막아 법적 안정성을 유지하기 위해 위헌성이 인정되는 당해 법률 또는 법률조항에 대하여 단순히 헌법에 합치되지 아니한다는 선언에 그치는 변형결정 주문형식이다. 비록 위헌성이 인정되는 법률이라 하더라도 국회의 입법권을 존중하고 위헌결정의 효력을 즉시 발생시킬 때 오는 법의 공백을 막아 법적 안정성을 유지하기 위하여 일정기간 당해 법률의 효력을 지속시키는 결정형식이 바로 헌법불합치결정이다. 헌법불합치결정은 불합치결정을 하면서 당해 법률 또는 법률조항의 적용을 중지시키는 적용중지결정과 비록 위헌성이 인정됨에도 불구하고 다양한 이유 때문에 당해 법률 또는 법률조항을 잠정적으로 계속 적용하도록 하는 잠정적용결정으로 세분화된다. 형벌조항에 대하여 헌법불합치결정이 내려진 경우 이러한 헌법재판소의 헌법불합치결정을 전제로 형사사건을 심판하여야 하는 사법부로서는 헌법불합치결정을 어떻게 이해하여야 하고 어떤 판결을 내려야하는지에 대해 논란이 있었다. 이 문제와 관련하여 대법원은 적용중지결정이든, 잠정적용결정이든 구별 없이 형벌조항에 대한 헌법불합치결정을 단순위헌결정과 똑같은 것으로 이해하여 형사재판의 결론을 내려야 한다는 입장을 취하고 있다. 대법원의 이와 같은 입장은 적용중지결정의 경우에는 타당하지만 잠정적용결정의 경우에는 헌법재판소 결정의 기속력에 반한다는 점을 고려할 때 타당하다고 볼 수 없다.