영양고추시험장에서 분양 받은 고추 유전자원 523종에 대한 카로티노이드의 정성 및 정량 분석과 ASTA color 지수를 분석하였다. 개별 카로티노이드는 capsanthin, lutein, zeaxanthin, β-cryptoxanthin, α-carotene, β-carotene 등으로 동정하였다. 총 카로티노이드 함량은 0.5-84.8 mg/100g DW으로 나타났으며 ASTA color 지수는 0.7-233.1로 나타났다. 개별 카로티노이드의 평균갑과 총 카로티노이드 함량에 대한 비율은 β-carotene 5.0 mg/100g DW (24.8%) > capsanthin 5.0 mg/100g DW (24.7%) > zeaxanthin 4.1 mg/100g DW (20.4%) > β-cryptoxanthin 3.0 mg/100g DW (14.8%) > lutein 2.7 mg/100g DW (13.3%) > α-carotene 0.4 mg/100g DW (2.0%) 순으로 분석되었다. 카로티노이드 중 capsanthin의 함량이 ASTA color 지수와 높은 상관관계를 보였으며 (R2 = 0.723) capsanthin이 23.2 mg/100g DW으로 고함유된 자원 IT223599를 선발하였다. 또한 카로티노이드 크로마토그램의 패턴에 따라 고추유전자원을 7가지 그룹으로 구분하였으며 이는 고 색소 함유 품종 육종 등 다양한 산업 소재로 활용 될 수 있다.