만성 췌장염에 동반된 췌장결석은 심한 통증을 유발하여 환자들의 삶의 질을 매우 저하시킨다. 특히 주췌관을 막고 있으며 통증을 유발하는 췌장결석은 적극적인 치료를 고려해야 한다. 먼저 췌장결석이 머리나 몸통에 위치하고, 크기가 5 mm미만인 경우에는 바로 내시경 제거를 시도해볼 수 있다. 5 mm 이상의 경우에는 먼저 ESWL을 시행하고 그 결과에 따라 추가로 내시경 제거를 고려할 수 있다. 이러한 치료에 실패하였을 경우에는 췌관경을 이용한 쇄석술이나 수술을 고려해야 하고, 가교치료로 췌관스텐트 삽입을 이용할 수 있다.