개발과 보전 간 갈등을 최소화할 수 있는 지속가능한 국토 관리를 위해서는 기본적으로 다양한 생물들의 서식처가 될 수 있는 자연환경 우수지역에 대한 관리가 이루어져야 한다. 자연환경 우수지역에 대한 효율적 관리를 위해서는 자연환경 우수지역 중에서도 법적·제도적으로 보호받지 못하고 개발에 노출된 지역들에 대해 지속적인 현황 파악의 노력이 필요하다. 본 연구에서는 국토환경성평가지도의 환경생태적 평가 결과와 법제적 평가 결과를 활용한 Gap 분석을 통하여 환경생태적으로 자연환경이 우수하나 제도적으로 보호받지 못하는 관리취약지역을 추출하는 방안을 제안하고자 하였다. Gap 분석 결과, 전국토의 4.81%와 국토환경성 평가지도 환경생태적 평가 1등급 지역의 11.22%가 자연환경적으로 우수하나 제도적으로 보호받지 못하는 관리취약지역으로 분석되 었다. 그리고 이러한 대표지역들의 현황을 살펴본 결과, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 자연녹지지역으로 지정되어 있었으며, 기타법률에 의거 준보전산지, 가축사육제한구역 그리고 인근 학교로 인한 상대보호구역으로 지정된 지역들이었으며, 이러한 관리 취약지역들은 여건만 조성된다면 개발이 발생할 수 있는 지역들이었다. 따라서 이러한 지역들의 보호를 위해 제도적으로 보호할 수 있는 관리 방안을 고려해야 한다. 그리고 이러한 자연환경이 우수한 관리취약지역의 제도적 관리와 보호 대책 마련을 통해 국내 생물다양성을 증진시키고 지속가능한 국토관리가 가능할 것으로 판단된다.