미국, 일본과 우리나라 모두 종자에 대해 품종보호제도와 특허제도에 의한 중복보호를 부여하고 있다. GM종자의 경우 유전형질변환과정에 인간의 창작이 개입되었기 때문에 특허로 보호받을 수 있을 것이지만, 여전히‘종자’이므로 품종보호제도를 통한 보호도 가능할 것인데 품종보호제도 혹은 특허제도 중 어느 것으로 보호받을지는 발명자의 선택사항이다. GM종자와 관련하여 두 제도의 가장 큰 차이점은 권리의 효력제한 범위이다. 각국별로 다소 차이는 있지만 품종보호제도에서는 일반적으로 농부의 자가채종행위에는 품종보호권(혹은 육성자권)의 효력이 미치지 않는다는 명문의 규정을 두어 인류의 역사에서 오래된 관행을 인정하고 있지만 특허제도에는 이에 대응하는 명문의 규정이 없고 특허제품의 최초판매에 의해 판매된 물건에 대해서는 특허권의 소진한다는 판례법상의 원칙이 GM종자 발명에는 어떻게 적용될 것인지가 문제가 된다. 미국의 GM콩종자 사건에서 문제가 된 것은 조건부 판매에 의해 특허권의 소진이 제한되는지와 자기복제발명의 경우 소진을 어떻게 적용할 것인지였는데, 첫 번째 쟁점에 대한 미국과 일본에서의 논의를 정리해 보면, 미국 CAFC의 Mallinckrodt 판결 하에서 계약에 의한 소진회피 가능성은 높았지만 Quanta 판결에 의해 그 여지가 많이 줄어들었다고 볼 수 있고 일본의 경우는 원칙적으로는 불가하고 소유권유보나 해제조건부 라이센스 등 매우 제한적인 가능성만이 열려 있다고 볼 수 있다. 다만 미국과 일본 모두 판례에 대한 비판적 견해가 제기되는 것을 보면‘특허권자의 계약방법 선택의 자유’ 와 ‘제3자의 거래안전 보호’라는 상충하는 이익의 조화를 꾀할 수 있는 결론 및 그 이론구성에 대해 향후 지속적인 검토가 필요할 것으로 보인다. 두 번째 쟁점과 관련하여서는 후세대 종자에 대한 소진의 적용을 배제한 연방순회항소법원의 결론에는 동의하지만 후세대 종자가 판매된 적이 없다는 논거보다는‘생산’이라는 개념을 기준으로 판단하는 것이 타당하지 않은가 생각된다.