고군산군도의 해양수질의 환경을 파악하기 위해 31개 정점을 선정하여 2011년 2월부터 11월까지 계절별 조사를 실시하였다. 용존산소는 대부분의 해역의 분포범위와 평균 값이 7.5mg/L 이상으로 해역수질기준(국토해양부, 2008) 등급 I에 해당하는 수질을 보였고, 화학적 산소요구량(COD)은 표층에서는 0.35~2.11mg/L와 저층에서는 0.11~1.99mg/L, 용존무기질소는 표층에서 0.29~6.06㎍-at./L와 저층에서는 0.70~

고군산군도의 해조상 및 군집구조를 파악하기 위해 7개 정점을 선정하여 2008년 12월부터 2009년 11월까지 계절별 조사를 실시하였다. 고군산군도에서 출현한 해조류는 총 58종으로, 녹조식물 10종, 갈조식물 16종, 홍조식물 32종이 채집 동정되었으며, 그 중 11종은 연중 출현하였다. 평균 생물량은 Sinsido 1 정점에서 213.8 g m-2, Sinsido 2 정점에서 143.1 g m-2, Sinsido 3 정점에서 133.3 g m-2, Munyeodo 정점에서 164.0 g m-2, Seonyudo 정점에서 116.9 g m-2, Jangjado 정점에서 145.1 g m-2으로 Sinsido 1 정점에서 가장 높은 생물량을 보였으며, Sinsido 4 정점에서 최저 생물량을 나타냈다. 생물량에서 우점종은 지충이(Sargassum thunbergii), 구멍갈파래(Ulva pertusa), 톳(Sargassum fusiforme) 및 작은구슬산호말(Corallina pilulifera)이었으며, 지충이는 전 계절에 걸쳐 가장 높은 생물량을 보여 이 지역 대표종으로 확인되었다. 이 지역의 6개 기능형군은 성긴분기형(46.6%), 사상형(27.6%), 엽상형(17.2%), 다육질형(3.4%), 유절산호말형(3.4%), 각상형(1.7%)군으로 구분되었다. 해조류의 지역적 특성의 기준으로 이용되는 C/P, R/P 그리고 (R+C)/P값은 각각 0.33~0.75, 1.11~2.50, 1.47~3.25이었다. 종다양도지수(H')와 우점도지수(DI)로 본 고군산군도의 해조군집 안정도는 '불안정'하고 환경상태는 '나쁜것'으로 나타났다. MDS와 군집분석 결과, Sinsido 2, Sinsido 3, Seonyudo, Munyeodo로 이루어진 그룹, Sinsido 1, Jangjado로 이루어진 그룹, 그리고 Sinsido 4로 이루어진 총 3개의 군집으로 분류되었으며, 암반이 적어 해조류가 빈약하였던 Sinsido 4는 다른 정점과 유사도에서 차이를 나타냈다.

2003년 8월 3일부터 8월 5일까지 전라북도 군산시에 속한 고군산군도의 5개 섬을 대상으로 조간대 및 조하대와 어선의 그물에서 채집된 십각류를 관찰한 결과 새우류 2과 4종, 집게류 4과 9종, 게류 11과 29종으로 모두 17과 42종이 동정, 분류 되었다. 이 가운데 새우류 2종, Athanas sp., Alpheus sp.는 한국미기록종이었으며, 이들을 포함하여 10과 20종-새우류 1과 2종, 집게류 3과 6종, 게류 6과 12종-이 고군산군