최한기 철학의 특징은 기의 활동운화로 세계와 인간 및 사회를 인식하는 데 있다. ‘신기’ 개념을 중심으로 한 우주론과 인식론이 『기측체의』에서 이미 체계화되었고, 『기학』에 이르러서는 ‘운화’로 집약되었다. 기학은 기존 학문에 대해 두 가지 상반된 입장을 취한다. 하나는 역대 학문의 발전과정으로 심학과 리학을 인정하는 것이고 다른 하나는 실학문을 준거로 전대 학문의 허실을 비판하는 것이다. 윤리강상 같은 도덕적, 보편적 가치를 계승하고, 경험과 지식의 축적으로 역사가 발전한다는 사고가 여기에 밑받침하고 있다. 역사의 발전이란 곧 인식의 확장과 학문의 발달을 의미한다. 기학의 한 축은 서양 근대 과학이다. 그러나 기륜과 섭동, 심 중심의 인체관은 서양 우주론과 의학적 성과를 기학의 관점에서 독해하고 있음을 보여준다. 이러한 변용은 기계론적 세계관에 구별되는 최한기 철학의 특성이다. 세계가 운화기의 활동양상이라는 점에서 문명 간의 차이는 자연스러운 것이고, 소통을 통해 상생하는 대동의 세계야말로 그가 구상한 새로운 세계의 모습이었다.