최병헌의 종교관은 문명론과 기독교적 세계관이 만나는 지점에서 형성되었다. 여기서는 그의 대표작이라 할 수 있는 『성산명경』, 『만종일련』, 『한철집요』를 중심으로 그의 종교 담론이 지니는 의미를 전통 지식의 재편이라는 측면에서 고찰했다. 문명론과 기독교 세계관의 접합을 확인할 수 있는 『성산명 경』은 존 번연의 『천로역정』에 비견될 정도로 한국 초기 기독교 토착화에 기여한 것으로 평가된다. 유불도와 기독교 간의 대화는 세계 창조론, 인간 영혼론, 내세론을 주제로 진행되었는데, 기독교가 서양 문명의 원동력이며 보편적 가치를 지닌 것임을 확인하는 것으로 귀결된다. 『만종일련』은 기독교의 절대적 가치를 주장하면서도 제종교가 복음에 이르는 과정에 도움을 줄 수 있는 성취론적 관점을 취한다. 유신론, 내세론, 신앙을 종교의 3대 관념으로 제시했으나 3대 관념 가운데 일부를 결여하더라도 종교로 인정했다. 이는 전통적인 보유론과 적응주의와 구분된다. 기독교의 수용은 유학을 중심으로 했던 전통 지식 체계의 변형을 촉진하고, 근대적 지식 체계 형성에 기여했다. 화지안의 『성해연원』을 저본으로 한 유교 심성론 기술은 기독교적 관점에서 유교 지식체계를 재구축한 것이다. 동서양의 종교와 철학을 망라한 『한철집요는 비록 한문 교육을 목적으로 만들어진 것이지만 유교를 중심으로 한 전통 지식의 재편을 보여주는 사례이다. 유교 지식인이었던 최병헌의 기독교 수용은 한국 교회사뿐만 아니라 전통 지식체계의 탈구축이라는 점에서 독해가 필요한 이 유이다.

최한기 철학의 특징은 기의 활동운화로 세계와 인간 및 사회를 인식하는 데 있다. ‘신기’ 개념을 중심으로 한 우주론과 인식론이 『기측체의』에서 이미 체계화되었고, 『기학』에 이르러서는 ‘운화’로 집약되었다. 기학은 기존 학문에 대해 두 가지 상반된 입장을 취한다. 하나는 역대 학문의 발전과정으로 심학과 리학을 인정하는 것이고 다른 하나는 실학문을 준거로 전대 학문의 허실을 비판하는 것이다. 윤리강상 같은 도덕적, 보편적 가치를 계승하고, 경험과 지식의 축적으로 역사가 발전한다는 사고가 여기에 밑받침하고 있다. 역사의 발전이란 곧 인식의 확장과 학문의 발달을 의미한다. 기학의 한 축은 서양 근대 과학이다. 그러나 기륜과 섭동, 심 중심의 인체관은 서양 우주론과 의학적 성과를 기학의 관점에서 독해하고 있음을 보여준다. 이러한 변용은 기계론적 세계관에 구별되는 최한기 철학의 특성이다. 세계가 운화기의 활동양상이라는 점에서 문명 간의 차이는 자연스러운 것이고, 소통을 통해 상생하는 대동의 세계야말로 그가 구상한 새로운 세계의 모습이었다.