본 연구는 부패미생물의 종류와 차이를 알아보기 위해 유기농산물과 일반농산물(깻잎, 양배추, 상추)을 구입하여 4oC에 14일 저장한 후 일반목적배지를 사용하여 미생물을 분리 및 16S rRNA sequencing방법을 이용하여 동정하였다. 유기농산물 깻잎, 양배추, 상추의 총균수는 5-7 log10 CFU/g 수준이었고, 일반농산물의 총균수는 5-8 log10 CFU/ g 수준이었다. 유기농산물보다는 일반농산물이 총균수를 더 많이 내재하고 있으나 유의적인 차이는 나타나지 않았 다(p > 0.05). 유기농산물 깻잎에서 발견된 주요 균은 Microbacterium sp.이었으며, 일반농산물 깻잎에서 발견된 주요 균은 Stenotrophomonas maltophilia이었다. 또한, 유기농산물에서 부패를 일으킬 수 있는 균인 Klebsiella pneumonia 가 발견되었으며, 일반농산물보다 유기농산물에서 발견된 균의 종류가 더 많은 것을 확인할 수 있었다. 이에 본 연구 결과는 부패미생물에 대한 이해를 높이고 농산물의 신선도 및 유통기한을 늘리기 위한 새로운 살균소독제 및 부패 억제제를 개발하는데 좋은 기초자료로 사용될 수 있을 것으로 사료된다.