특허권의 보호수단은 물권적 보호원칙과 손해 배상원칙으로 유형화된다. 물권적 보호원칙은 특허권자가 침해자에 대하여 금지청구권을 행사하여 타인의 실시행위를 배제할 수 있다는 것을 의미한다. 반면 손해배상원칙에 의하는 경우, 특허권자는 과거의 실시에 대한 손해배상과 장래의 실시에 대한 실시료 지급만을 청구할 수 있고, 타인 의 실시행위에 대한 중지를 청구할 수는 없다. 이와 같이 특허법에서 손해배상원칙은 어느 누구도 보상을 지급하려는 의사가 있으면 특허발명을 이 용할 수 있다는 것을 의미한다. 한편 물권적 보호 원칙에 따른 보호는 특허권의 배타성을 지나치게 강조하여 특허제도의 효율성을 저해할 우려가 있다. 따라서 손해배상원칙과의 적용을 통하여 특허의 배타성을 조정할 필요가 있다. 다만, 손해배상 원칙을 명문의 규정 없이 적용하는 이론적 접근은 한계가 있고, 제도적 차원의 접근이 요구된다. 이에 이 글은 손해배상원칙의 특허제도에의 적용방안을 특허권자의 동의여부를 기준으로 ‘강제적 손해배상원칙’과 ‘사적 손해배상원칙’으로 구분하여 검토하였다. 우선 강제적 손해배상원칙의 예로서 강제실시제도는 이미 우리 특허법에 도입되어 있으나 실질적인 활용도는 낮다. 이에 제도의 활성화 방안으로 적용범위 확대, 준사법적 절차로 의 통일 등의 법적 개선방안을 제시하였다. 나아가 사적 손해배상원칙의 예로서 자발적 실시허락 (LOR, License of right) 제도를 소개하였다. 특허권자는 이러한 선언 후에는 물권적 보호원칙에 따른 보호를 받을 수 없고, 발명의 실시를 원하는 자라면 누구에게나 실시권을 부여하여야 한다. 이러한 제도는 특허권자의 사전적 동의를 전제로 하 면서, 거래비용을 최소화하여 발명의 실시를 촉진한다는 점에서 그 도입의 필요성이 있다.

한미 FTA를 통해 의약품 품목허가와 관련하여 허가-특허 연계제도가 도입될 예정이다. 허가-특허 연계제도가 도입되면 의약품의 특허권 침해여 부를 의약품의 품목허가 시에 고려하게 되므로 향후 특허권을 보유한 오리지널 제약사들에 의해 제너릭 제약사들의 시장진입을 저지하거나 연기시키려는 경쟁제한적인 행위들이 발생할 수 있고, 이에 따라 이에 대한 공정거래법의 적용과 집행에 대한 관심도 증대되고 있다. 허가-특허 연계제도는 미국에서는 1984년 Hatch-Waxman Act에 의해 도입된 제도로서 제너릭 의약품의 시장진입을 원활히 하고 신약개발에 대한 유인을 높이려는 두 가지 목적을 가지고 입법되었다. 법 시행 이후 이러한 입법목적은 어느 정도 달성한 것으로 평가되었으나, 다른 한편으로 복수의 30개월간 ANDA 허가유예 취득, Reverse Payment Settlement, Authorized Generic, Orange Book에 등재된 특허정보 삭제 등 다양한 경쟁제한적인 행위들이 생겨나면서 그 허용여부 및 위법성에 대한 논란이 있어왔다. 향후 도입될 약사법이나 동법 시행령 및 시행규칙의 구체적인 내용에 따라서는 우리나라도 미국과 마찬가지로 의약품 품목허가 절차상의 허점들을 이용하거나 품목허가 전 특허침해 소송과정에서 합의하는 등 다양한 경쟁제한적인 행위들이 발생할 수 있다. 이러한 행위는 제너릭 의약품의 시장진입을 저해하여 경쟁을 제한하고 소비자들이 저렴한 가격으로 의약품을 구입할 기회를 배제하여 소비자후생의 감소를 초래할 우려가 있다. 따라서 특허권에 대한 합리적 보호를 통해 신약개발에 대한 유인을 높임과 동시에 제너릭 의약품의 시장진입을 원활하게 하고자 하는 제도의 취지가 잘 달성될 수 있도록 향후 시행령 및 시행규칙 개정을 통한 허가-특허 연계제도의 구체화 및 제도운영 과정에서 세심한 주의를 기울일 필요가 있다.