운문산 일원은 자연공원법에 의해 지정된 운문산 군립공 원과 자연환경보전법에 의해 지정된 운문산 생태경관보전 지역이 있다. 운문산 군립공원의 면적은 16.173㎢ 이며 관 리주체는 경상북도 청도군이고, 운문산 생태경관보전지역 의 면적은 26.395㎢ 이며 관리주체는 대구지방환경청이다. 이러한 보호지역이 중첩된 지역의 면적은 10.3㎢ 로 운문산 군립공원 전체 면적의 64%를 차지하며 출입금지구역으로 지정하여 엄중히 관리하고 있다. 1990년 이후 시행된 운문 산 자연휴식년제를 통해 탐방객의 출입을 제한함으로써 가 지산 등 인근지역에서 발견되지 않았던 법적보호종들(수달, 담비, 하늘다람쥐)이 출현하였으며 포유류의 서식에 필요한 매우 양호한 자연생태계를 갖춘 지역이 되었다. 멸종위기종 포유류의 지속가능한 보호를 위해 다양한 보호 지역 관리체계를 갖춘 운문산 군립공원에서 보호지역 관리에 대한 효과성 연구가 필요하다. 본 연구는 이러한 보호지역 관리가 멸종위기종 포유류에 미치는 영향을 알아보기 위해 운문산 군립공원을 대상으로 엄중한 관리 지역(중복 지정 지역), 관리 지역(독립 지정 지역) 그리고 비관리 지역(공원 외 지역)으로 나누어 선조사법(Line transect)을 통해 출현하 는 멸종위기종 포유류 흔적의 상대빈도를 조사하였다. 연구결과 지역별 멸종위기종 포유류 흔적의 상대빈도는 중복 지정 지역에서 425회/㎢, 독립 지정 지역에서 92회/㎢, 공원 외 지역에서 37회/㎢ 로 중복 지정 지역처럼 탐방객 출입이 엄중히 관리되는 곳에서 흔적이 많이 관찰되는 경향 이 나타났다. 본 조사는 1회 실시되어 통계적 유의성을 알 수 없지만 반복 조사를 통해 보호지역 관리체계에 따른 멸 종위기종 포유류 분포의 상관관계를 이해할 수 있을 것으로 판단된다.

운문산 상류 수계의 저서성 대형무척추동물상 조사 및 생물학적 수질평가는 2007년 11월에서 2008년 9월까지 시행되었으며 조사결과 4문 5강 13목 61과 106속 140종이 조사되었다. 전 지점을 종합해 볼 때 날도래목의 네모집날도래 KUa가 우점종이며 지점별 우점도지수(DI)를 살펴보면 2지점이 0.553으로 가장 높았으며 7지점이 0.354로 가장 낮게 나타났다. 다양도지수(H')에서는 7지점이 2.18로 가장 높았으며 2지점이 1.75로 가장 낮게 나타났다. 저서성 대형무척추동물 생태점수(ESB)애서는 4지점과 7지점이 85로 가장 높게 나타나 '최우선보호수역'으로 판정되었으며 5 지점이 51 로 가장 낮게 나타나 '보호수역'으로 판정되었으며 전 지점 모두 오수생물계열에서 '변부수성'을 나타냈다.

2007년 11월부터 2008년 10월까지 경상북도 청도군 운문면과 경남 밀양시 산내면 경계에 있는 운문산의 육상곤충류의 생태 조사의 결과 총 14목 151과 610속 756종이 채집되었다. U1에서 U4에 이르는 조사 지점에서 출현 분류군별 점유율은 나비목, 딱정벌레목, 벌목의 순으로 높은 수준을 보였다. 나비목이 252종으로 33.3%의 점유율을 보여 우점하고 있는 것으로 나타났으며, 딱정벌레목이 182종으로 24.1%의 점유율을 보여 아우점하는 것으로 나타났다. 환경부 지정 멸종위기 야생동물 II급 (곤충류) 목록에 포함되어 있는 쌍꼬리부전나비(Spindasis takanonis (Matsumura))와 희귀종인 애반딧불이(Luciola lateralis Motschulsky)의 서식이 확인되었다.