2017년과 2018년 노지고추 재배기간인 6~8월 간 전북 고창, 충남 청양, 충북 괴산지역 노지 고추 포장에서 총채벌레의 종류와 발생현황을 조사하였다. 시기별로 총채벌레를 채집하여 동정한 결과 꽃노랑총채벌레 (Frankliniella occidentalis), 대만총채벌레 (F. intonsa), 파총채벌레 (Thrips tabaci)의 발생이 확인되었다. 이들 3종 중 대만총채벌레가 시기별로 가장 발생 밀도가 높은 것으로 보아 우점종으로 보여진다. 총채벌레의 발생은 6월 하순부터 증가하기 시작하여 7월 중순에 밀도가 가장 높았다. 따라서, 노지고추에서 총채벌레 방제전략은 6월 상순부터 모니터링하여 밀도증가 이전에 적절한 방제방법을 동원하여야 할 것이다.

2006년부터 2010년까지 국내 고추 노지재배 포장을 대상으로 경상남도와 제주도를 제외한 강원도 11개 지역 등 전국에 걸쳐 총 83개 지역을 중심으로 바이러스 이병체를 채집하여 연차별 고추 발생 바이러스의 발병률, 바이러스 종류 및 감염 형태를 조사하였다. 2006년부터 2010년까지의 고추에서의 평균 단독 감염률은 46.6%, 복합 감염률은 48.0%로 조사되어 고추 생산에 있어서 가장 큰 위해요소는 바이러스 발병으로 나타났다. 바이러스별로는 CMV가 평균 34.8% 발병률로 가장 우점 바이러스로 조사되었다. 반면 BBWV2는 낮은 발병율을 보여주었으며, TSWV는 충남과 전남지역에 국한되는 것으로 조사되었다. 따라서 고추 노지재배 시 발생하는 바이러스의 위해도를 발병률에 따라 구분하면 CMV, PMMoV, 그리고 PepMov 순으로 조사되었다. 또한 복합 감염의 발생도 모든 조사지역 시료에서 검출되었으며, 이에 대한 감염 별 바이러스 종류와 발생률을 분석하였다. 복합 감염에서 가장 빈번하게 검출된 바이러스는 CMV로, CMV+BBWV2, CMV+PepMoV, CMV+PMMoV의 복합 감염형태가 검출률이 높게 나타났다. 따라서 고추의 유기농 재배·생산에 가장 큰 위협요인으로 작용하는 바이러스의 적절한 대책마련을 위한 지속적인 바이러스 모니터링과 3종 이상의 복합 감염 위해성을 판단하기 위한 추가 연구가 필요하다고 사료된다.