두부의 주요 가공과정 중의 일반세균, 저온세균, 포자형성세균의 microflora에 대한 정량 및 정성 분석을 통하여 가공 공정 별 미생물 오염 원인을 규명하고자 하였다. 일반세균은 원료 콩에 4.75 log CFU/g 존재하였으나 두유제조 공정에서 가열에 의해 3.55 log CFU/g으로 감소하였고 가열 후 포장두부에서는 2.53 log CFU/g 존재하였다. 저온세균은 원료 콩에 3.55 log CFU/g 존재하였으나 두유제조 공정에서 가열에 의해 0.78 log CFU/g으로 감소하였고 포장 두부의 가열에 의해 사멸되어 완제품에는 검출되지 않았다. 포자형성세균은 원료 콩에 1.75 log CFU/g 존재하였고 제조 공정 중 외부 오염에 의해 혼입된 후 완제품 저장 시 0.58 log CFU/g 수준으로 검출되었다. 두부의 제조 과정 중 원료 콩으로부터 최종 제품까지 총 29속 70종의 세균이 분리 동정되었다. 원료 콩, 두유, 성형벨트, 숨물 plate, 절단용 칼날, 열탕 전 포장 두부, 열탕 후 포장 두부에 존재하는 주요 미생물은 각각 Bacillus spp., Lysinibacillus bronitoleran, Acinetobacter spp., Bacillus spp., Acinetobacter spp., Acinetobacter spp., Staphylococcus spp.로 확인되었다.