Environmental DNA (eDNA) analysis has emerged as a powerful tool for biodiversity monitoring due to its efficiency, standardization potential, and cost-effectiveness. We evaluated the applicability of eDNAbased zooplankton monitoring in Korean lakes by comparing three DNA methods-eDNA, iDNA, and eiDNA-with traditional microscopy. Sampling was conducted in six lakes with varying conditions. eDNA was obtained from lake water, iDNA from unpreserved zooplankton incubated in water, and eiDNA from zooplankton incubated in ethanol. DNA metabarcoding detected more taxa than microscopy, but dominant taxa overlapped, mainly Daphnia. While DNA methods showed higher richness, Simpson and Shannon indices were higher in microscopy, reflecting differences in quantification methods. These discrepancies reflect methodological differences in how taxa are quantified and suggest that DNA-based approaches may overrepresent certain groups in richness estimates. In addition, false negatives were observed for several common rotifer species (e.g., Keratella, Polyarthra), likely due to incomplete reference databases and high intraspecific genetic diversity. Conversely, some taxa detected only by DNA-particularly small-bodied or rare crustaceans-may represent false positives relative to microscopy. These findings emphasize the importance of improving reference libraries and interpreting DNA results with caution, while also supporting the utility of DNA-based methods as complementary tools in zooplankton monitoring and national biodiversity assessments.

동물플랑크톤은 식물플랑크톤 및 기타 소형 미생물을 섭식하고, 고차 생물군집에 포식되어 일차생산과 상위 영양단계를 연결하는 중추적인 연결고리 역할자로 수생태계 내 물질 및 에너지 순환 구조와 기능을 이해하는데 필수적인 요소로 여겨지고 있다. 하지만, 동물플랑크톤은 분류군에 따라 상이한 크기와 유영능력, 그에 따른 다양한 서식 특성을 가지고 있어, 식물플랑크톤에 비해 다소 복잡한 채집 및 분석방법이 요구된다. 정확한 동물플랑크톤 정량화를 위해서는 종특이적인 분포를 고려하여 장소를 선정하 고 적합한 도구 (채수기, 플랑크톤 네트 등)를 이용하여 시료를 채집해야 할 필요가 있으며, 동정 및 계수 중에 발생 할 수 있는 오차를 최소화하기 위해서는 고정법과 부차시료에 대한 고려도 중요하다. 본 논문에서는 현재 사용되고 있는 대표적인 동물플랑크톤 정량채집방법 및 시료처리방법의 장·단점을 소개하여 연구 목적에 부합하는 방법을 선택, 적용할 수 있도록 가이드라인을 제시하고자 하였다.