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버섯은 세계적으로 양송이, 표고 느타리버섯류 재배가 주류를 이루고 있으며, 한국의 시중에서 재배하고 있는 버섯품종이 1969년 이후 꾸준히 증가하여 약 24품목 224품종이 신고되거나 품종보호등록되어 농가에 보급되었다. 그 중에서 느타리와 큰느타리가 전체 생산 및 소비가 약 50%를 차지하고 있다. 이러한 상황에 비춰 하나의 품종이 다른 이름으로 신고되거나 등록되는 경우가 존재하여 먹는 버섯만 해도 구별하기가 쉽지 않은 상황이다. 과거에는 일반인이 외국에서 품종을 수집하여 그대로 판매신고를 하여 상품으로 판매하는 사례도 있는 실정이다. 지금은 품종등록을 한 종균을 허가없이 사용할 경우 로열티를 지불하거나 소송이 진행될 수 있음을 간과해서는 안된다. 일례로 새송이버섯 사건이 대표적인 예라 할 수 있다. 이 사건의 품종판별 방법으로 유전자 식별법을 사용하였다고 한다. 이것은 형태적 형질만으로는 품종구분 방식에 한계가 있음을 보여주고 있다. 우리는 미토콘드리아 유전자를 이용하여 품종구분을 하였는데 느타리에서 원형느타리, 수한1호, 춘추2호 등이 뚜렸한 차이를 보여주어 품종을 구분할 수 있는 마커로서의 가능성을 보여주었다. 그리고 교배육종된 교잡주의 모본유래를 확인함으로서 육종 마커로 사용할 수 있으리라 판단된다. 또한 육종효율 증진을 위해 mating type을 결정하는 homeodomain 및 pheromone receptor 유전자를 이용하여 교배형을 결정함으로서 교배육종 시 시간과 경비를 절감할 수 있으리라 사료된다.
