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작은뿌리파리(Bradysia difformis)는 유충이 직접 뿌리를 가해하거나 간접적으로는 토양 중 식물병원균 Fusarium, Pythium 등과 함께 작물체에 복합피해를 유발하는 해충이다. 작은뿌리파리는 2008년 이전에는 주로 육묘장, 수경 및 양액재배 작물에서 피해를 일으켰으나, 2008년 충주, 2009년 담양, 2009년 익산, 2010년 화성에서 토양재배 시설 토마토에서 심각한 피해가 나타났다. 그 후 전국적으로 토양재배 토마토에서 피해가 나타나고 있어 경기도 및 충남 지역의 주요 토마토 재배지역을 중심으로 작은뿌리파리의 발생밀도와 피해 및 방제효과에 대하여 조사하였다. 경기도 화성, 충남 아산과 천안의 토양재배 토마토에서 끈끈이트랩을 이용하여 작은뿌리파리의 발생밀도를 조사한 결과 화성에서는 5개 트랩 당 반촉성재배 시 0∼38.2마리, 억제재배 시 0.6∼110.2마리, 아산에서는 반촉성재배 시 0.6∼34.0마리, 억제재배 시 0∼33.4마리, 천안에서는 반촉성재배 시 1.2∼235.6마리, 억제재배 시 1.2∼52.8마리로 조사되었다. 각 지역마다 임의로 50주에 대해 피해주수를 조사한 결과 화성과 아산에서는 반촉성 및 억제재배에서 피해가 나타나지 않았으나, 천안에서는 반촉성재배 시 0∼22.4주에서 피해가 나타났으며 억제재배에서는 피해가 없었다. 작은뿌리파리에 대한 방제효과를 알아보기 위하여 관행재배농가에서는 티아메톡삼 입상수화제, 루페뉴론 유제, 아세타미프리드 수화제를 교호로 3회 살포하였다. 또한 무농약 토마토 재배농가에서는 총채가시응애(Hypoaspis aculeifer)를 m2당 15.2마리(15,000마리/300평) 밀도로 3회 방사하였다. 그 결과 살충제 및 천적 처리구의 작은뿌리파리 밀도는 각각 무처리구와 비교하여 90% 이상 감소되었다.
