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고품질의 표준 유전자 세트를 확보하는 것은 작물의 기능연구 수행에 매우 중요하다. 고품질의 표준 유전자 세트란 형성된 transcripts의 assembly의 정확성이 높고, full length transcript의 비율이 높은 유전자 세트를 뜻한다. 본 연구에서는 표준 유전체가 보고되지 않은 양배추의 고품질 표준 유전자 세트 확보를 목표로 하며, 그 중 full length transcript 비율이 어느 정도 인지를 측정하고자 한다. 본 연구에서 full length transcript는 표준 유전체에 90% 이상 일치하며, 전사체의 5’UTR과 3’UTR 모두 가진 transcript로 정의하고 분석을 수행하였다. 우선 표준 유전체가 있는 애기장대를 이용하여 full length transcript의 비율 측정하였다. de novo 어셈블리로 애기장대의 표준 유전자 세트를 작성한 결과 26,255 transcripts가 형성되었으며, 26,084 transcripts가 표준 유전체에 90% 이상 일치됨을 확인했다. 그 중 91%에 해당하는 transcripts는 알려진 전사체 13,852개와 매칭이 되었는데, 43%에 해당하는 10,231 transcripts가 전사체 13,852개의 full length transcript로 확인되었다. 위와 동일한 방법을 적용하여 양배추의 표준 유전자 세트를 형성한 결과 53,562 transcripts를 형성되었다. 양배추는 표준 유전체의 부재로 알려진 식물 30종의 아미노산 서열을 이용하여 분석하였다. 그 결과 35,273 transcripts가 알려진 전사체와 매칭이 되었으며, 그 중 45%에 해당하는 15,765 transcripts가 full length transcripts임을 확인하였다. 이 비율은 이미 보고된 유칼립투스와 제브라피시의 transcriptome assembly를 통해 얻어진 full length transcripts 6,208(39.5%), 9,625(26%) 보다 더 향상된 수준이다. 본 연구에서 수행된 방법론을 다른 작물의 표준 유전자 세트 형성에 적용하였을 때 보다 향상된 고품질 표준 유전자 세트를 생산할 것으로 예측된다.
