느타리버섯은 자웅이주성으로 4극성 교배형을 갖는다. 이러한 특징 때문에 품종 개발에 있어서 많은 노력과 시간을 필요로 하고 있다. 육종방법은 보편적으로 단핵균주를 이용한 교잡방법(Mon-Mon)과 Di-Mon법을 이용하고 있으나 최근에는 교잡효율이 높은 Di-Mon 법을 느타리버섯의 육성에 많이 이용되고 있다. 또한 느타리버섯에서 육종효율 증진방안으로 미토콘드리아 마커를 개발하여 품종구분에도 이용하고 있다. 본 실험에서는 세포질전환 균주를 만들기 위해 이러한 분자마커와 Di-Mon 교배법으로 세포질전환균주를 만들었다. 우성 먼저 느타리버섯 수한3호와 흑변이체의 교잡종인 ‘다굴’의 이핵균주에 수한1호의 단핵균주와 교잡하여 220여개의 교잡주를 얻었다. 여기에 1차로 미토콘드리아 microsatellite DNA 마커 (MtPO1)를 이용하여 단핵균주 수한1호의 미토콘드리아 밴드를 형성하는 교잡주 86개를 획득하였다. 이 중에서 URP 프라이머를 이용하여 ‘다굴’의 2핵균주 핵 DNA 패턴을 가진 16교잡주를 선발하였다. 선발된 16 교잡주의 자실체 특성을 조사하였다. 이러한 방법은 많은 교잡주를 가지고 특성 검정하였던 것을 적은 교잡주를 가지고 대량으로 빠르게 검정할 수 있다.