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제주흑돈 산육형질의 후보유전자 탐색을 위한 전장유전체 분석 및 유전체 육종가 정확도 평가 KCI 등재
Evaluation of the Accuracy of Genomic Breeding Value and Genome-wide Association Study to Identity Candidate Genes for Productive Traits in Jeju Black Pigs
pp.91-96
본 연구는 제주지역에서 사육되고 있는 제주 재래돼지기반의 제주흑돈(제주재래돼지 합성돈)에 대하여 산육형질인 등지방 두께, 일당증체량, 90 kg 도달일령에 대한 후보유전자 탐색을 위해 전장유전체 분석을 실시하였고, 유전체 육종가의 정확도 비교를 위해 베이지안 방법(BayesB, BayesC), π(0.00, 0.50, 0.90, 0.99)값과 개체 자신과 후대의 정보만 포함하고 조상의 정보에 대해 정보를 보정한 DEBVexcPA (Deregressed EBV exlude parents average)와 부모 평균을 포함한 DEBVincPA (Deregressed EBV include parents average)의 반응변수를 이용하였다. 산육형질에 대한 전장유전체 분석을 실시한 결과 등지방두께는 KIAA1549 유전자(SSC18 at 11Mb region), 일당증체량과 90 kg 도달일령에서 POLD3(SSC9 at 9Mb region), STX6(SSC9 at 134Mb region) 유전자가 공통적으로 탐색되었다. 유전체의 정확도 범위는 일당증체량 BayesB의 경우 DEBVexcPA와 DEBVincPA에서 각각 0.285~0.305와 0.497~0.510과 BayesC에서 0.287~0.296와 0.499~0.511으로 추정되었다. 90 kg 도달일령은 BayesB에서 DEBVexcPA와 DEBVincPA는 각각 0.284~0.305와 0.497~0.510, BayesC에서는 0.284~0.296와 0.498-0.511로 추정되었다. 특히, 등지방두께의 유전체 정확도가 BayesB방법론의 DEBVincPA에서 0.625로 가장 높게 추정되었다. 제주흑돈의 산육형질에 대한 유전적인 개량 속도를 가속화하기 위해 유전체 선발법을 적용하는데 있어 부모 평균을 포함한 DEBVincPA (Deregressed EBV include parents average)의 반응변수를 이용하는 것이 바람직하다고 판단된다.
This study investigated the genomic prediction accuracy for backfat thickness (BF), average daily gain (ADG) and days to 90 kg (DAYS) of Jeju Black pigs. The genome-wide association study (GWAS) was performed by using Illumina porcine80Kv1. The BayesB and BayesC methods with various π(0.00, 0.50, 0.90, 0.99) and weighted response variables (DEBVincPA and DEBVexcPA) were used to estimate SNP effects. In GWAS, KIAA1549 gene (SSC18 at 11Mb region) was found at backfat thickness, and POLD3 (SSC9 at 9Mb region) and STX6 genes (SSC9 at 134Mb region) were commonly identified at the DAYS and ADG. The genomic prediction accuracy for BF using BayesB ranges from 0.479 to 0.495 for DEBVexcPA, and 0.617 to 0.625 for DEBVincPA, whereas the BayesC based ranges were 0.471 to 0.490, 0.615 to 0.623, respectively. In the ADG, using BayesB ranges from 0.285 to 0.305 for DEBVexcPA, and 0.568 to 0.613 for DEBVincPA, whereas the BayesC based ranges were 0.287 to 0.296, 0.499 to 0.511, respectively. The traits of DAYS using BayesB ranges from 0.284 to 0.305 for DEBVexcPA, and 0.497 to 0.510 for DEBVincPA, whereas the BayesC based ranges were 0.284 to 0.296, 0.498 to 0.511, respectively. In particular, the genomic prediction accuracy of BF was estimated to be 0.625 in the DEBVincPA of BayesB method, and it was found that the genetic improvement rate for BF, which is the most important issue in Jeju black pigs, can be accelerated by adding genomic information to the traditional BLUP methods.
Abstract
서론
재료 및 방법
1. 공시재료
2. 유전체 자료
3. 반응변수
4. 통계적 방법
결과 및 고찰
1. 전장유전체 분석
2. 유전체 정확도
References
