본 연구는 제주지역에서 사육되고 있는 제주 재래돼지기반의 제주흑돈(제주재래돼지 합성돈)에 대하여 산육형질인 등지방 두께, 일당증체량, 90 kg 도달일령에 대한 후보유전자 탐색을 위해 전장유전체 분석을 실시하였고, 유전체 육종가의 정확도 비교를 위해 베이지안 방법(BayesB, BayesC), π(0.00, 0.50, 0.90, 0.99)값과 개체 자신과 후대의 정보만 포함하고 조상의 정보에 대해 정보를 보정한 DEBVexcPA (Deregressed EBV exlude parents average)와 부모 평균을 포함한 DEBVincPA (Deregressed EBV include parents average)의 반응변수를 이용하였다. 산육형질에 대한 전장유전체 분석을 실시한 결과 등지방두께는 KIAA1549 유전자(SSC18 at 11Mb region), 일당증체량과 90 kg 도달일령에서 POLD3(SSC9 at 9Mb region), STX6(SSC9 at 134Mb region) 유전자가 공통적으로 탐색되었다. 유전체의 정확도 범위는 일당증체량 BayesB의 경우 DEBVexcPA와 DEBVincPA에서 각각 0.285~0.305와 0.497~0.510과 BayesC에서 0.287~0.296와 0.499~0.511으로 추정되었다. 90 kg 도달일령은 BayesB에서 DEBVexcPA와 DEBVincPA는 각각 0.284~0.305와 0.497~0.510, BayesC에서는 0.284~0.296와 0.498-0.511로 추정되었다. 특히, 등지방두께의 유전체 정확도가 BayesB방법론의 DEBVincPA에서 0.625로 가장 높게 추정되었다. 제주흑돈의 산육형질에 대한 유전적인 개량 속도를 가속화하기 위해 유전체 선발법을 적용하는데 있어 부모 평균을 포함한 DEBVincPA (Deregressed EBV include parents average)의 반응변수를 이용하는 것이 바람직하다고 판단된다.

본 연구는 제주에서 사육되고 있는 제주흑돈(제주 제래돼지 합성돈)에서 생산형질인 등지방두께, 일당증체량, 90kg도달일령과 번식형질인 총산자 수 및 생존산자수를 조사하고, 이에 대한 상가적효과와 모체환경효과를 통한 분산성분 및 유전모수를 추정하여 유전적 개량에 필요한 기초 자료를 위해 분석을 진행하였다. 생산형질 내에서 등지방두께, 일당증체량 및 90kg도달일령에 대하여 추정된 유전력은 각각 0.364, 0.271 및 0.300으로 추정되었으며, 번식형질 내에서 총산자수와 생존산자수에 대하여 추정된 유전력은 각각 0.072, 및 0.076로 유전력을 갖는 것으로 추정되었다. 생산형질에서 모체의 유전분산과 모체 공통 환경분산은 각각 0.019-0.385과 0.034-0.357로 추정되었으며, 번식형질의 경우 모체공통 환경분산은 0.348-0.459 로 추정되었다. 따라서, 제주흑돈에 대한 유전모수 추정 시 개체의 직접적인 유전효과 뿐만 아니라, 모체의 유전 또는 공통 환경효과를 고려해야 유전모수 등이 과대 추정 (over-estimate) 되는 현상을 방지 할 수 있으며, 개체들에 대한 정확한 유전 능력 평가가 이루어질 것으로 사료된다.