한국의 가양주는 지역별로 그 특징이 다르게 나타나며, 누룩균은 이러한 지역별 가양주의 특징을 결정 짓는데 가장 중요한 요소이다. 본 연구에서는 국내 지역별(충남, 서울, 제주) 가양주에서 분리한 누룩균 배양체의 대사체 분석을 통해, 균주별 특성을 비교 분석하였다. 총 7 지역의 가양주에서 분리된 20종의 누룩균 배양체의 대사체를 용매(Isopropyl alcohol: Methanol: Distilled water)추출 한 후, LC-MS/MS를 이용해 대사체 분석을 수행하였다. 이후 다변량 통계에 기반한 data mining을 통해 결과들을 분석하여 지역 및 균주별 대사체 변이를 규명하였다. Mass spectrometry에서 검출된 300여개의 전체 대사체들은 지역 및 균주별 특이성에 따라 분류 될 수 있었으며, Aspergillus niger 계열 균주들에서는 gluconic acid의 함량이 특이적으로 높게 나타났다. 이러한 지역 및 균주별 대사체의 변이 기여하는 유의적인 대사체들은 약 36개로 screening 되었고, 이들의 조성과 함량에 의해 지역별 가양주들의 특성이 발현되는 것을 확인할 수 있었다. 본 연구 결과는 향후 전통 가양주 유래 유용 미생물 자원의 발굴에 유용한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.