본 연구는 2010년에 C교대 교육연구원과 S초교간의 PDS 협력 프로그램의 운영 내용에 대해 살펴보고, 운영에서의 쟁점을 분석하고 앞으로 협력이 보다 원활하게 이루어지는데 필요한 운영 개선 방안들을 모색하기 위해 수행되었다. 연구자들은 국내외 선행 연구를 분석하고, 분석을 위한 준거로 연구자와 교사간의 원활한 의사소통에 따른 상호 신뢰와 유대감 형성, PDS에 대한 체계적인 평가, 참여자들의 탐구지향적인 학습을 설정하였다. 연구자들은 C교대와 S초교의 세가지 협력 프로그램 운영에서 어떤 쟁점이 나타났는지, 프로그램 운영에서 나타난 문제점을 해소하기 위한 방안은 무엇인지 등을 연구 문제로 설정하였다. 세가지 협력 프로그램(“S수업 함께 보고 함께 읽기”, “우리 학교에서의 수업 이해하기”, “단위학교 기반의 PDS 구축을 위한 프로그램”) 운영에 대한 분석을 통해 운영에서의 쟁점이 발생한 원인으로 교사들의 낮은 참여와 연구자-교사간의 의사소통 부족, 교사의 탐구지향적인 학습의 충실성 정도, 우수수업에 대한 관점 검토, PDS에 대한 지속적인 평가 등을 분석하고 논의하였다. 협력의 초기에 PDS에 대해 충분한 오리엔테이션 제공, 연구자의 역할에 대한 융통성있는 조절, 명확한 협력 목표와 계획 설정, 대안적인 교실 수업 개선 실천들의 연대 등을 개선 방안으로 제언하였다.