우리나라에서 표고버섯은 소비자의 선호도가 매우 높고, 전체 임산버섯 생산량의 약 97.7%를 차지하고 있는 매우 중요한 단기소득임산물중 하나이다. 이러한 표고버섯은 최근 신품종의 개발이 활발히 이루어지고 있어, 육종가의 권리 보호를 위하여 품종을 구분할 수 있는 분자마커 개발이 요구되고 있다. 본 연구에서는 신품종 ‘산마루2호’를 37개의 표고버섯 품종으로부터 구분할 수 있는 CAPS 마커를 개발하였다. ‘산마루2호’의 유전체에서 Scaffold 2번 1803483에 위치한 단일염기 다형성(SNP)이 확인되었고, 이 SNP를 포함하여 증폭한 DNA는 제한효소 Hhal에 의하여 특이적으로 절단되지 않아 다른 표고버섯 품종들과 구분되었다.