본 연구는 농산물의 미생물학적 수준에 관하여 체계적인 연구분석(systemic analysis) 기법을 이용하여 비가열 농산물의 위생안전관리를 목적으로 연구를 수행하였다. 2001년부터 2015년까지 인쇄된 관련 연구논문을 NDSL 검색 엔진을 활용하여 자료를 수집, 리뷰, 자료 정리, 분석 및 결과 정리하였다. 농산물 분류체계를 비교 조사하여 미국의 IFSAC (Interagency Food Safety Analytics Collaboration) 의 식품분류체계에 따라 국내 농산물을 분류하였다. 선정된 22건의 논문 내 89건의 데이터를 종합한 결과, 분 류체계 내에서 국내 농산물에서 총균수 수준이 높고 대장균 오염이 가장 많은 농산물은 엽경채류와 새싹·발아채 소(sprouts)로 나타났다. 단체급식에서 생채소로 소비되는 엽경채류에서 단체급식의 다소비 농산물로서 식중독과 연관성이 높은 품목인 상추, 부추, 배추에 관하여 미생물에 관한 자료 검색, 수집, 선정 및 분석 결과 최종 33편의 논문에서 미생물의 정량적 수준은 총균수 4.15~ 7.69 log CFU/ g, 대장균군 1~6.99 log CFU/g, B. cereus 0.51~3.9 log CFU/ g으로 나타났다. GAP 데이터 기반 농산물의 미생물학적 영향을 미치는 환경인자 문헌조사 결과 퇴비, 토양, 작업 자 손, 장갑이 주요 영향인자로 나타났다. 농산물의 미생 물학적 관리를 위하여 전문가 의견과 문헌조사를 통하여 GAP도입, 취약 품목의 미생물학적 분석계획, 토양으로부터 작물의 오염을 최소화 할 수 있는 작물생산방식 도입 및 실행규범 준수가 필요하다.