자연수계 수산생물의 전염병 모니터링은 자연수계 및 양식 수산생물의 질병 관련성 및 상관관계 구명은 질병 발생 예방 및 확산 방지에 매우 중요한 역할을 한다. 2018년 해구 64개소에서 어류 39종 977마리 및 갑각류 14종 287마리를 선정하여 총 1,264마리에 대하여 병원체 감염 여부를 조사하였다. 어류는 법정전염병 2종 (VHS, RSIVD) 및 비 법정전염병 3종 (MABVD, HRVD, LCD)을 분석하고 갑각류는 법정전염병 6종 (WSD, IHHN, TS, IMN, YHD, WTD) 을 분석하였다. 조사한 모든 시료에서 전염병이 검출되지 않았지만, 우리나라에서 조사한 자연수계 수산생물이 무병하여 청정국 또는 청정지위 선언에 중요한 정보를 제공 할 것이다.