본 연구는 콩 종자의 침종에 의한 수분흡수와 발아과정에서 종자 내 기능성 성분 변화를 알아봄으로써 초기발아단계의 영양적 가치를 검토하고자 대두 (Glycine max L.) 건조 종자와 침종 및 발아단계 별 (3mm 발아, 15mm 발아) 총 페놀 및 플라보노이드 함량과 12종류의 isoflavone 성분 분석을 수행하였다. 대두 품종인 일품검정콩과 소양콩을 발아단계 별로 총 페놀 및 플라보노이드 함량과 isoflavone 물질 분석을 실시한 결과, 총 페놀 및 플라보노이드 함량의 경우 침종 시 함량이 증가하였다가 발아 후 다시 감소하여 건종자와 유사한 수준을 나타내었다. 소양콩의 경우 침종 시 다른 처리구에 비해 총 페놀 함량과 총 플라보노이드 함량이 각각 8.36 gallic acid equivalent·g-1 dry weight, 5.11 catechin equivalent·g-1 dry weight 으로 2배 가량 높게 측정되었다. 대두의 발아단계별 isoflavone 함량 측정 결과, aglycone의 경우, 침종종자와 3mm발아에서 함량이 증가하였으며 특히 발아가 시작되는 단계인 3mm발아에서 건조종자에 비해 2배 이상 급격히 증가하였다. 반면 glycosyl isoflavone의 경우, 소양콩 침종 시 함량의 증가를 제외하고는, 두 품종 모두 전체적으로 발아가 진행될수록 감소하는 것을 보아 수분의 흡수와 발아가 시작되면서 glycoside의 탈당에 의한 aglycone으로의 전환이 이루어진 것으로 보인다. 총 isoflavone의 함량은 일품검정콩에서는 건조 종자, 소양콩에서는 침종종자에서 가장 높은 값을 보이나, glycosyl isoflavone보다 aglycone형태가 체내에서 더욱 흡수와 소화가 잘 되는 것을 감안하였을 때에 glycosyl isoflavone의 aglycone으로의 전환이 가장 활발히 진행되는 3mm발아종자가 체내 생리활성 기능성 제품으로의 산업화에 활용가치가 높을 것으로 사료된다.