본 연구는 V. nashicola에 의해 발생하는 배 검은별무늬병 에 저항성을 가지는 유전자를 선발하고자 고도 저항성 ‘93-3-98’과 고도 감수성 ‘스위트스킨’에 병 접종후 24시간, 48시간후 엽을 채취하여 suppression subtractive hybridization 을 수행하였다. ESTs 분석결과 ‘93-3-98’에서만 발현된 유전 자는 24H(tester, 24시간 ’93-3-98; driver, 24시간 ‘스위트스킨’)과 48H(tester, 48시간 ’93-3-98; driver, 48시간 ‘스위트 스킨’)에서 각각 9개, 14개였으며 방어 또는 스트레스에 관련 된 유전자의 비율은 각각 40%와 42%였다. 식물의 방어반응에 관련된 PR protein family 유전자로써는 24H에서 pathogenesisrelated protein 1a, major allergen Pyr c 1과 allergen mal d 1, 48H에서는 major allergen Mal d 1.03B 유전자가 특이 적으로 발현되었고 다수의 방어반응에 관련된 유전자들도 확 인되었다. Major allergen Pyr c 1, F-Box/kelch-repeat protein, flavoprotein wrbA, hypothetical protein POPTRDRAFT_ 783792은 고도저항성 ‘Bartlett’과 ‘93-3-98’에서만 높게 발 현 되었으며 중도저항성 ‘감천배’와 감수성 ‘원황’, 고도 감수 성 ‘신고’와 ‘스위트스킨’에서는 낮게 발현되어 검은별무늬병 저항성 연관 유전자로 확인되었다.