총담관결석의 진단방법은 여러 가지가 있으며 크게 임상양상, 영상검사 및 내시경검사로 나눌 수 있다. 이 중에서 임상증상, 검사실 소견, 초음파검사 또는 복부전산화 단층촬영과 같은 기본 검사 결과를 바탕으로 총담관결석이 있을 가능성이 높은 군과 낮은 군으로 구별 혹은 층화하여 몇 개의 위험군으로 나누어 치료 방침 및 추가 검사를 시행한다. 저위험군에서는 환자가 담낭담석을 동반하여 담낭절제술이 필요하다면 내시경역행담췌관조영술을 시행하지 않고 바로 담낭절제술을 시행할 수 있다. 중등도 위험군에서는 총담관결석의 제거를 위한 내시경역행담췌관조영술이 필요한지를 알아보기 위하여 자기공명 담췌관조영술이나 내시경초음파검사의 추가 검사가 필요하다. 고위험군에서는 다른 추가 검사 없이 담석 제거 등의 치료를 할 수 있는 내시경역행담췌관조영술을 바로 시행할 수 있다.