본 연구에서는 해군 장교들의 해기능력을 검증하는 자체 시스템인 PQS 제도를 국제해사기구의 국제협약인 STCW, 국내 해기 관련 지정교육기관 교육 프로그램, 해기사 면허 취득 자격요건 등과 상호 비교 분석하였다. 현 해군 PQS 제도는 안전항해 측면에서 STCW 협약에서 요구하는 최소한의 필요조건을 만족하는 수준으로 평가된다. STCW 협약을 기준으로 해군 PQS 제도의 발전방안을 제시하면 다음과 같다. 첫째, PQS 제도의 평가범위를 안전항해와 관련된 법규, 해사영어, 천문항해 분야까지 확대할 필요가 있다. 둘째, PQS 평가문항수를 확대하고 객관식, 단답식, 서술식 등 평가유형을 다양화할 필요가 있다. 셋째, 항해과 장교 출신별(사관학교, 학군장교, 학사장교)로 해기능력 관련 교육의 상이에 따른 문제를 해결하기 위해서, 상대적으로 해기 관련 교육기간이 짧은 학사 출신 장교들에 대해 PQS 합격기간을 연장해 주고 실습기간도 별도로 부여해 줄 필요가 있다.