독도연구기관의 현황과 과제란 주제에서 정부출연기관, 대학연구소 및 학술단체로 나누어 살펴보면서 바람직한 독도연구활동을 하기 위해서 다음과 같은 제안을 하였다. 첫째, 정부출연기관인 동북아역사재단의 독도연구소는 독도 연구에 있어서 많은 예산을 확보하고 통섭적 연구를 할 수 있는 여건을 마련하고 있다. 그런 점에서 대학연구소와 학술단체를 견인할 수 있는 사명감을 가져야 한다. 독도연구기관 협 의회와 콜로키움을 통해 연구기관과 연구자, 그리고 일선 교육현장 종사자들의 인적 네트워크를 구축하여 연구의 중복 방지와 통섭적 연구의 방안을 마련하고, 연구와 교육의 상호 소통 등을 모색하는 중심적 역할을 자임하기를 기대한다. 그러기 위해서는 독도연구소의 수장이 설립 이후 수습, 겸임, 직무대리로 있는 체제로 유지되는 체제를 바꾸어야만 한다. 셋째, 독도 영유권을 공고화하기 위해서 대외홍보와 교육활동도 중요하지만 그에 선행하여야 할 것이 독도연구의 인적 자원 확충과 네트워크 구축이다. 독도연구기관이 대학연구소와 학술단체의 경우 독도연구와 학문후속세대의 양성을 최우선적으로 도모하여야만 한다. 연구과제의 공모와 선정에 학문후속세대에게 일정 비율의 연구비를 지급하여 공개 발표회와 토론을 통해 하나의 학자로 성장할 수 있도록 제도적 보완이 필요하다. 그 역할을 할 수 있는 게 정부출연기관과 대학연구소이다. 넷째, 독도연구의 공모과제의 경우 대개 1년 단위의 과제이다. 연구자 개인이나 혹은 독도연구기관에 최소 2, 3년 단위의 과제를 늘릴 필요가 있다. 다섯째, 동북아역사재단 독도연구소 등의 정부출연기관이 대학 연구소와 학술단 체와의 인적 네트워크를 구축하여 매년 독도영유권 공고화에 기여하는 논문과 책을 선정하여 그 연구성과를 일어, 영어 등 외국어 번역을 해야만 한다. 일어판의 필요성은 향후 일본의 강화되는 독도 교육으로 인해 잘못된 독도 인식을 하는 일본인에게 독도가 한국의 영토임을 알릴 수 있는 논문과 책을 일어판으로 보급하여야만 한다. 또 올바르고 정확한 영어판이 나온다면 그것을 다른 언어로 번역하 는 것은 쉽게 이루어질 수 있다. 그런 점에서 정부출연기관의 최우선 사업으로 고려하여야 하는 것은 우수한 독도 연구성과를 일어, 영어로 번역하는 것이다. 여섯째, 현재 독도 관련 연구의 경우 각 기관과 개별 연구자들의 연구성과를 수합하고, 그 평가를 하는 작업이 전혀 되어 있지 않다. 그 때문에 중복 연구와 하나의 논문 주제를 할 것을 분절하여 발표하는 경우도 있다. 매년 그에 대한 옥석을 가리기 위해 역사, 국제법, 지리학, 자연과학 등의 각 분야별 연구자를 선정하여 각 논문과 책에 대한 평을 하여『영토해양연구』등에 게재한다면 중복 연구를 방지하고, 연구의 질적 향상을 도모할 수 있을 것이다.

일본 외무성은 2008년 2월, 「竹島-다케시마 문제를 이해하기 위한 10가지 포인트」라는 14쪽 분량의 팸플릿을 만들어 3월 8일부터 외무성 홈페이지에 게시하였다. 거기에 대응해 정부출연기관인 동북아역사재단 ‘독도연구소’가 2008년 8월 14일에 개소한 직후 「일본이 모르는 10가지 독도의 진실」 팸플릿을 만들어 홈페이지에 게시하였고, 한국해양수산개발원 ‘독도·해양영토연구센터’도 「독도는 대한민국의 고유영토입니다」 팸플릿을 만들어 홈페이지에 게시하였다. 일본 외무성의 경우 「다케시마」 동영상을 2013년 12월 10일에 외무성 홈페이지에 게시하였고, 2014년 3월 13일에 「미래지향적인 일한 관계를 지향하며」 동영상을 홈페이지에 게시하였다. 그리고 2014년 3월, 「다케시마 팸플릿」(10페이지, PDF), 「전단: 다케시마」(2페이지, PDF)를 게시하였다. 팸플릿과 전단의 副題는 ‘법과 대화를 통한 해결을 지향하며’로 정했다. 일본 외무성의 「다케시마」 동영상 대한 대응은 외교부에서 「대한민국의 아름다운 영토」 동영상을 만들어 2013년 12월 31일에 외교부 홈페이지에 게시하였지만, 외교부와 정부출연기관인 동북아역사재단 독도연구소, 한국해양수산개발원 독도·해양영토연구센터의 경우 전단과 팸플릿에 대한 대응은 지금까지 없다. 그것을 촉구하기 위해 제목을「정부기관 산하 독도 홍보사이트의 현황과 과제」로 잡았다.