‘유럽연합 품종보호에 관한 규정’(기본규정)에 근거하여 운영되는 유럽연합 품종보호제도는 1995년 도입되었으며, 유럽연합 품종보호사무소에 한 번의 출원으로 유럽연합(EU) 28개 회원국에서 품종보호 등록품종에 대한 배타적인 권리를 누릴 수 있는 효율적인 제도이다. 출원료는 650유로이고 연간 심사료는 작물 그룹별로 1,430∼3,210유로 범위이며연간 품종보호료는 작물에 상관없이 250유로이다. 2013년도 출원건수는 3,297건으로 제도 도입 후 최대 출원건수를 기록하였고 품종보호사무소 설립이후 50개국 이상으로부터 출원이 이루어졌으며, 거의 매년 1/3이상은 네덜란드(2013년 1,226건)에서 출원되고 있다. 2013년도 품종보호 등록건수는 2,706건으로 역대 최고 출원건수를 기록하였고 2013년말 현재 유지되고 있는 품종보호권은 21,576건이다. 기본규정은 UPOV의 1991협약을 반영하여 권리범위가 1978협약에 비해 확대되었으나 수확물에 대한 권리범위가 구체적으로 기술되지 않아 육종가 권리의 사각지대가 발생할 수 있다. 육종가 권리 예외 조항에 따라 농업인은 일부 농작물류에 대해 일반적인 로열티보다 적은 금액의 로열티로 자가채종 종자를 사용할 수 있다. 그러나 육종가는 자가채종 종자 사용에 대한 정보 획득의 어려움 등으로 로열티 징수에 어려움을 겪고 있다. 기본유래품종 조항은 육종가 예외조항에 의해 발생할 수 있는 유사·복제 품종 문제를 예방할 수 있지만 기본유래품종 여부를 판단하는 표준 프로토콜이나 임계치가 없는 실정이다. 유럽연합 역내에서 조화된 품종보호제도가 운영되고 있지만 육종가의 권리행사 여건은 유럽연합 회원국별로 차이가 큰 편이며 일부의 경우 권리침해 문제를 해결하기 위한 시스템이 제대로 작동하고 있지 않은 상황이다. 유럽연합 역내에서 범국가적으로 운영되고 있는 유럽연합 품종보호제도가 한층 더 발전하기 위해서는 이러한 문제들을 해결해야 할 것으로 보인다.