장내 미생물 군집은 소화 과정, 면역 시스템, 질병 발생 등 숙주의 다양한 면에 광범위한 영향을 주는 것으로 알려져 있으며, 주요 장내 미생물 종은 숙주의 생리 기능에 핵심적인 역할을 수행한다고 발표된 바 있다. 곤충의 장내 미생물 군집에 관한 연구가 최근 활발히 이루어지고 있으며, 이들 연구는 주로 장내 미생물 군집과 기생충, 병원체 간의 상호작용, 종간의 신호 전달 네트워크, 먹이의 소화 과정 등을 중심으로 이루어지고 있다. 이러한 연구들은 대부분 Illumina MiSeq을 활용하여 16S rRNA 유전자의 V1부터 V9 영역 중 선택된 특정 부분을 대상으로 짧은 서열 정보를 대상으로 진행되었다. 그러나, 최근에는 PacBio HiFi 기술이 상용화되면서 16S rRNA의 전장 분석이 가능할 수 있게 되었다. 이번 연구는 장수말벌(Vespa mandarinia)의 해부를 통해 gut과 carcass 부분을 분리한 뒤, 각 샘플을 Illumina MiSeq과 PacBio HiFi 기술을 활용하여 미생물 군집 간의 차이점을 확인하기 위하여 수행되었다.

참진드기과(Ixodidae) 속하는 개피참진드기(Haemaphysalis flava)는 동남아시아에서 남아시아에 걸쳐 분포 하며, 다양한 질병을 매개하는 것으로 알려져 있다. 특히 중국, 일본, 한국에서 개피참진드기의 주요 매개 질병인 중증열성혈소판감소증후군(SFTS)의 감염 사례가 지속적으로 증가하는 것으로 보고되고 있다. 이 연구는 Illumina HiSeq 4000 시퀀싱을 통해 raw 데이터를 획득하고, Trinity를 기반으로 de novo assembly를 수행하여 unigene을 확보하였다. 이 결과, 총 69,822개의 unigene이 생성되었으며, 이 중 46,175개의 unigene이 PANM-DB에 annotation 되었다. 또한 KOG, GO 및 KEGG 분석을 통해 30,000개, 19,074개, 9,333개의 unigene이 annotation 되었 으며, InterProScan 결과를 통해 protein kinase, zinc finger (C2H2-type), reverse transcriptase, RNA recognition motif domain 등과 같은 세포 조절 메커니즘과 관련된 유전자가 확인되었다. RepeatMasker(v4.0.6)와 MISA(v1.0)를 사 용하여 unigene에서 SSR 마커를 확인한 결과, 총 3,480개의 SSR 마커가 확인되었으며 이 중 trinucleotide 반복이 1,907개, dinucleotide 반복이 1,274개로 확인되었다. 이러한 연구 결과는 H. flava 암컷의 유전자 및 유전자 조절 메커니즘을 이해하는데 기초 자료로서 활용 가능하며, 질병 전파 감수성에 대한 후속 연구에 유용한 정보를 제공 할 것으로 사료된다.

Chloroplast (cp) genome sequences provide a valuable source for DNA barcoding. Molecular phylogenetic studies have concentrated on DNA sequencing of conserved gene loci. However, this approach is time consuming and more difficult to implement when gene organization differs among species. Here we report the complete re-sequencing of the cp genome of Capsicum pepper (Capsicum annuum var. glabriusculum) using the Illumina platform. The total length of the cp genome is 156,817 bp with a 37.7% overall GC content. A pair of inverted repeats (IRs) of 50,284 bp were separated by a small single copy (SSC; 18,948 bp) and a large single copy (LSC; 87,446 bp). The number of cp genes in C. annuum var. glabriusculum is the same as that in other Capsicum species. Variations in the lengths of LSC, SSC and IR regions were the main contributors to the size variation in the cp genome of this species. A total of 125 simple sequence repeat (SSR) and 48 insertions or deletions variants were found by sequence alignment of Capsicum cp genome. These findings provide a foundation for further investigation of cp genome evolution in Capsicum and other higher plants.