1995년 4월부터 1997년 10월까지 밀양강에 대한 어류상의 조사를 한 결과 모두 13과 30속 42종의 어종이 채집되었다. 과별 어종의 수로는 잉어과 24종(57.1%), 기름종개과 6종(14.3%)으로 가장 많았다. 한국고유종 및 아종은 18종으로 전체 어종수의 42.9%를 차지하였다. 상대풍부도의 면에서 보아 밀양강 전체에서는 Zacco temmincki (23.69%)가 우점종이었고, Zacco platypus (12.12%)가 아우점종이었으며, Moroco oxycephalus (8.35%), Niwaella multifasciata (7.97%), Pungtungia herzi (7.04%), Squalidus gracilis majimae (5.61%), Acheilognathus koreensis (4.77%)는 보통종이었다. Lam-petra reissneri, Cyprinus carpio, Rhodeus ocellatus, Sarcocheilichthys variegatus wakiyae, Microphysogobio koreensis, Microphysogobio rapidus, Misgurnus mizolepis, Cobitis rotundicaudata, Plecoglossus altivelis, Macropodus chinensis, Channa argus의 11종은 상대풍부도가 0.1% 미만인 희소종이었다. 군집구조분석의 결과 St. 24 의 지점이 가장 다양한 상태를 나타내었다. 지류별로는 청도천이 동창천과 단장천보다 훨씬 다양한 군집구조를 지니고 있는 것으로 밝혀졌다. 밀양강의 각 조사지점 사이의 유사도지수를 이용한 집괴분석의 결과 크게 상류형, 중류형 및 하류형 군집의 3개의 집단으로 구분되었다.

밀양강 수계 7개 지점에 대하여 1997년 4월부터 12월까지 5회에 걸쳐 채집된 저서성 대형무척추동물의 군집분석 및 저서성 대형무척추동물에 의한 생물학적 수질평가 결과를 요약하면 다음과 같다. 분류군은 총 3문 8강 15목 37과 45속 81종으로서 빈모류 1종, 거머리류 2종, 복족류 6종, 부족류 5종, 갑각류 2종, 곤충류 65종으로 곤충류가 가장 많았다. 전체 지점에 대한 평균 개체수 현존량은 815개체/㎡였다. 이 중 곤충류(약80%)가 가장 많았으며, 다시 곤충류 중에는 하루살이류(약 70%)와 날도래류(약 18%)가 주를 이루었다. 각 지점별 평균개체수 현존량을 보면, 제1지점인 청도천의 경우 262개체/㎡(32.2%)로서 가장 많은 출현율을 보였고, 제7지점인 밀양강 끝지점의 경우 38개체 /㎡(4.7%)로서 가장 출현율이 낮았다. 전체 평균 수준에서의 제1우점종은 Ecdyomurus levis Navas였으며, 우점도지수는 0.3이었다. 각 지점별 우점종을 보면 제1지점부터 제5지점까지는 Ecdyomurus levis Navas이였고, 제6지점과 제7지점은 Hirudinidae sp.1이었다. 그리고, 전체 평균 수준에서의 다양도지수는 2.66이었다. 조사지점별 평균 다양도 지수를 보면 제4지점이 가장 높았으며(H'=3.47), 다음은 제2지점, 1지점, 3지점, 5지점, 6지점, 7지점의 순이었다. 생물학적 지표종을 중심으로한 수질평가에 의하면, 밀양강 전체의 평균은 군오염지수(GPI) 1,49로서 β-mesosaprobic의 II급수로 평가되었다. 각 지점별로는 제3지점의 경우 Oligosaprobic의 I급수로서 가장 양호한 수질이었고, 제1지점과, 제2지점, 제4지점, 제5지점은 β-mesosaprobic의 II급수로, 제6지점은 β-mesosaprobic의 III급수로 평가되었다. 그리고, 제7지점은 α-mesosaprobic의 III급수로서 가장 수질이 불량한 것으로 평가되었다.