국가 간 농림수산물 교역량의 증가에 따른 새로운 병해충의 확산을 방지하기 위한 검역의 중요성이 날로 증대되고 있는 가운데, 형태적 특성에 의한 해충 동정의 한계를 극복하기 위한 방법으로 최근 다양한 분자생물학적 방법을 이용한 종 동정 수단이 개발되고 있다. 본 연구에서는 국내산 과실에서 발견되는 주요 30여종의 해충에 대한 미토콘드리아 COI 바코드 서열분석과 바코드 서열에 기반 한 종 특이적 PNA probe개발을 통한 microarray system을 구축하였다. 그 결과 6종의 가루깍지벌레와 8종의 깍지벌레, 7종의 나방류, 5종의 응애류, 4종의 잎굴파리에 대한 DNA barcode 서열을 확보하였으며 각 분류군 공통적인 PCR 증폭 방법을 개발하고, PCR 증폭산물을 이용하여 효과적 해충의 동정이 가능함을 확인하였다.